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标题: 四路服务器的性价比比双路的如何？ [打印本页]

作者
Author: bobosiji 时间: 2019-4-18 00:13
标题: 四路服务器的性价比比双路的如何？
主要用gromacs跑MD，偶尔跑gaussian，将来可能会跑vasp。准备配8163CPU。现在商家给的四路服务器的价格就是双路的2倍。不知道这个四路的性价比如何（先不考虑四路能省一半空间这个优势）？多谢提点~

另外，考虑到我们模拟的体系大小（一般几万个原子）和并行效率，如果是四路服务器，一个节点有96核，我们可能经常会在一个节点上同时跑4~8个MD任务，不知道
这些任务会互相干扰影响模拟速度不？或者有何方法可以避免这个问题？我们用torque或者slurm调度系统。
多谢提点~

作者
Author: tomwong4253 时间: 2019-4-20 20:25
跑经典MD没有GPU那是牛车的速度，你的配置中没有提到GPU，不知道GPU这块你准备怎么弄。

根据我的经验，如果同时有多个体系要跑，最好的配置方法是：买双路节点，每个节点配两块GPU，一个节点上同时跑两个MD作业，如果还有闲钱，再加节点。以torque等调度系统负责调度，防止CPU打架，这是最好的选择。

作者
Author: bobosiji 时间: 2019-4-24 10:06

tomwong4253 发表于 2019-4-20 20:25
跑经典MD没有GPU那是牛车的速度，你的配置中没有提到GPU，不知道GPU这块你准备怎么弄。

根据我的经验， ...

GPU机器我们也正在慢慢用起来。出于场地等因素考虑，这次先不买GPU，将来有必要再加。顺便问问，一个节点俩显卡或更多显卡的话，torque可以在一个节点上同时跑n个任务（n>=显卡数），而且不会因任务之间互相干扰降低速度么？slurm似乎只能在一个节点上跑一个任务？多谢指点~

作者
Author: qchem 时间: 2019-4-25 22:14
gromacs，搞几块1080Ti的卡就快的要命了，比这四路服务器划算多了

作者
Author: tomwong4253 时间: 2019-5-4 09:28
场地因素是啥意思？没懂。GPU装在机箱里的东西，又不占额外的空间，场地上不会有任何额外的需要。顶多是电源瓦数配大一点的事。
我是建议你要买就一次性买齐了，省得买了发现跑MD没GPU慢的要死，还得重新购买。
slurm我用的不是很多，我用的是PBS和LSF。只要作业调度系统安装得当，提交的总作业的要求核心不超过节点最大核心数，没有丝毫问题。

作者
Author: bobosiji 时间: 2019-5-4 13:55

tomwong4253 发表于 2019-5-4 09:28
场地因素是啥意思？没懂。GPU装在机箱里的东西，又不占额外的空间，场地上不会有任何额外的需要。顶多是电 ...

谢谢南叔提点~将来要加GPU，往四路服务器上加，或者手头有一些2650v4的四字星，拆了加显卡也行。其实我们GPU机器现在也有，小伙伴们没有热情使用，用以前的CPU机器方便

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