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标题: 求助气相非周期性升温MD的cutoff设置问题 [打印本页]

作者
Author: hzamber 时间: 2019-4-20 00:06
标题: 求助气相非周期性升温MD的cutoff设置问题
6水团簇气相非周期性升温MD，输入文件如下，cut=40.0，可以正常计算，cut=8.0计算出错。
报错如下：
Frac coord min, max: -1.8108961054098474E-004 0.50000000000000000
The system has extended beyond
the extent of the virtual box.
Restarting sander will recalculate
a new virtual box with 30 Angstroms
extra on each side, if there is a
restart file for this configuration.
SANDER BOMB in subroutine Routine: map_coords (ew_force.f)
Atom out of bounds. If a restart has been written,
restarting should resolve the error

问题：不同大小的体系，cut有没有设置经验规则？

&cntrl
imin=0, nmropt=1,
ntx=1, irest=0,
ntxo=1, ioutfm=0, ntpr=1000, ntwx=1000,
nstlim=100000, dt=0.002,
ntf=2, ntb=0, cut=40.0, igb=0,
ntt=3, tempi=0.0, temp0=280.0, gamma_ln=2.0,
ntc=2,
ig=-1,
/
&wt type='TEMP0', istep1=0, istep2=50000, value1=0.0, value2=280.0,
/
&wt type='TEMP0', istep1=50001, istep2=100000, value1=280.0, value2=280.0,
/
&wt type='END' /
EOF

谢谢！

作者
Author: tomwong4253 时间: 2019-4-21 21:37
cutoff一般不应该低于你box的最小长度（防止一个分子和它的镜像产生相互作用）。
你把ntp=0写上试试，ntp默认好像不是0，你又没有设置压力，等于你让盒子在一个没压力的环境中无限膨胀，这可能是“炸”了的原因。

作者
Author: tomwong4253 时间: 2019-4-21 21:43
顺便说一下，如果没有特殊原因（对轨迹文件进行自编程的分析），ioutfrm尽量设置成1，AMBER的脑残（nc）格式轨迹读写速度快并且比常规ASCII格式小。

作者
Author: hzamber 时间: 2019-4-23 11:51

tomwong4253 发表于 2019-4-21 21:43
顺便说一下，如果没有特殊原因（对轨迹文件进行自编程的分析），ioutfrm尽量设置成1，AMBER的脑残（nc）格 ...

是，对于大小体系应该是这样。
我目前学习测试用小体系，直接使用ACSII格式方便查看。

作者
Author: hzamber 时间: 2019-4-23 11:58

tomwong4253 发表于 2019-4-21 21:37
cutoff一般不应该低于你box的最小长度（防止一个分子和它的镜像产生相互作用）。
你把ntp=0写上试试，ntp ...

非周期性也考虑cutoff与box边长的关系？inpcrd文件中没有box信息。
设置ntp=0效果也是一样，该成功还成功，不该成功的还是出错。

作者
Author: tomwong4253 时间: 2019-5-4 09:43
不好意思我没注意你是做非周期的。这块我做的不多，可以大致猜一猜。

根据amber手册上的一句：“The defaults for a non-periodic system are ntb=0, cut=9999.0, igb=1. The defaults for a periodic system are ntb=1,
cut=8.0, igb=0.”可推测，如果做非周期，可能要引入GB模型，igb不能是默认的0，要调成1，但我记得此时cut应该会自动忽略，变成9999。

如果你非要在非周期条件下设cut=8，可能确实如你所说，还是需要手动设一个盒子。用tleap里的setbox可以做到。

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