计算化学公社

标题: 请问高斯和Gview中的坐标是如何定义的，二者坐标朝向是一致的吗？ [打印本页]

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Author: cqu_xiaoq 时间: 2019-4-20 21:57
标题: 请问高斯和Gview中的坐标是如何定义的，二者坐标朝向是一致的吗？
老师您好，高斯中的坐标是如何定义的呢？和Gview中又是如何定义的呢？二者方式是一致的吗？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-20 23:49
“如何定义”这个问题不够确切
输入文件里无非就是笛卡尔坐标和内坐标（也可以混写）

你在gview里看到分子的笛卡尔坐标是什么，保存出来的输入文件里的笛卡尔坐标也将是什么，Gaussian计算时用的笛卡尔坐标也就是什么（某些情况之后还会被自动摆到标准朝向）

作者
Author: cqu_xiaoq 时间: 2019-4-21 09:13

sobereva 发表于 2019-4-20 23:49
“如何定义”这个问题不够确切
输入文件里无非就是笛卡尔坐标和内坐标（也可以混写）

首先感谢老师，不好意思老师，因为知识储备太少，所以总是不能准确描述，我想说的时定义坐标原点，XYZ轴的时候，是不是以分子的质心为坐标原点，然后以什么量的方向为XYZ轴，

作者
Author: granvia 时间: 2019-4-21 10:09

cqu_xiaoq 发表于 2019-4-21 09:13
首先感谢老师，不好意思老师，因为知识储备太少，所以总是不能准确描述，我想说的时定义坐标原点，XYZ轴 ...

高斯中的Standard orientation 应该是以质心为原点，xyz轴取三个主轴方向（是纯几何主轴还是转动惯量主轴我不太确定）。一般z轴取最高对称轴的方向，但对于无对称性的分子，究竟哪个轴是z轴或x轴，我就不知道了。 GV中有reorientate 功能，但生成的取向是否与高斯一致没做过测试。如果不想让高斯自动改变取向，可以加NOSYMM关键词

作者
Author: cqu_xiaoq 时间: 2019-4-21 20:19

granvia 发表于 2019-4-21 10:09
高斯中的Standard orientation 应该是以质心为原点，xyz轴取三个主轴方向（是纯几何主轴还是转动惯量主轴 ...

感谢，

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-22 01:01

cqu_xiaoq 发表于 2019-4-21 09:13
首先感谢老师，不好意思老师，因为知识储备太少，所以总是不能准确描述，我想说的时定义坐标原点，XYZ轴 ...

自动摆的标准朝向下是把体系核电荷中心（并非是楼上说的质心）当做原点，此时核电荷对偶极矩贡献恰为0。
标准朝向的定义手册里有详细说明，手册里搜standard orientation

作者
Author: cqu_xiaoq 时间: 2019-4-22 15:15

sobereva 发表于 2019-4-22 01:01
自动摆的标准朝向下是把体系核电荷中心（并非是楼上说的质心）当做原点，此时核电荷对偶极矩贡献恰为0。
...

老师，手册里确实没有这个定义(共有三处出现了标准朝向)，都是说gaussian会自动把分子调到标准朝向。我用的是3.5版本的手册。如果有我没找到还望老师见谅。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-23 01:40

cqu_xiaoq 发表于 2019-4-22 15:15
老师，手册里确实没有这个定义(共有三处出现了标准朝向)，都是说gaussian会自动把分子调到标准朝向。我用 ...

Gaussian手册哪有3.5版？我没说Multiwfn的手册

作者
Author: cqu_xiaoq 时间: 2019-4-23 09:32

sobereva 发表于 2019-4-23 01:40
Gaussian手册哪有3.5版？我没说Multiwfn的手册

不好意思老师，我理解成Multiwfn的手册了。

作者
Author: Smes 时间: 2022-12-14 17:44

sobereva 发表于 2019-4-22 01:01
自动摆的标准朝向下是把体系核电荷中心（并非是楼上说的质心）当做原点，此时核电荷对偶极矩贡献恰为0。
...

想问下老师，一个分子不是有很多个核电荷吗，原点我的理解是一个点对吗？想到这个我就想到优化不是体系能量对坐标求导吗，但是一个分子不是有很多个坐标吗？那么能量怎么同时对体系的多个原子坐标求导？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-18 11:11

Smes 发表于 2022-12-14 17:44
想问下老师，一个分子不是有很多个核电荷吗，原点我的理解是一个点对吗？想到这个我就想到优化不是体系能 ...

对于计算各个原子受力，不是同时求导，而是对各个原子核坐标分别求导

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