计算化学公社

标题: 求助 gromacs模拟完产生RDF和体系密度的问题 [打印本页]

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-4-23 11:07
标题: 求助 gromacs模拟完产生RDF和体系密度的问题
跑完模拟之后有两个问题请教一下各位老师：
1.跑完模拟之后根据sob老师用索引文件做出了两个原子的rdf，但是再怎么处理能做成文献里的样子?比如做出两个原子1-2ns的rdf，我用的是xmgrace
2.我想通过体系的密度验证力场，怎么样产生体系的密度？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-24 03:12
1 修改横坐标范围就行了，当前范围太大。
你的图看起来会比文献中的波动大，这是由于采样不够充分。对更长的轨迹进行统计可以使得曲线更平滑，你也可以在xmgrace里用running avereage处理来更平滑

2 gmx energy直接从edr文件里提取密度

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-4-24 10:52
楼主解决了MA ?

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2019-4-24 11:24
刚好也想问一下关于RDF的问题，GMX里rdf中 -xy选项好像特别耗时，算几百帧算了六天都没结果...是我用的GMX版本有问题么(4.0.5版)

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-4-24 14:54

sobereva 发表于 2019-4-24 03:12
1 修改横坐标范围就行了，当前范围太大。
你的图看起来会比文献中的波动大，这是由于采样不够充分。对更长 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-4-24 14:55

少年爱吃地三鲜发表于 2019-4-24 10:52
楼主解决了MA ?

正在解决

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-4-24 19:52

晓滨MD 发表于 2019-4-24 14:55
正在解决

加油!

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-24 22:44

Lacrimosa 发表于 2019-4-24 11:24
刚好也想问一下关于RDF的问题，GMX里rdf中 -xy选项好像特别耗时，算几百帧算了六天都没结果...是我用的GMX ...

你这版本也太老了
随着版本更新，一些自带的工具的问题也会修正、提升速度

作者
Author: Alpaca 时间: 2023-3-23 10:59
楼主解决了吗？

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