计算化学公社

标题: Gromacs GPU版本安装问题及显卡选择求助 [打印本页]

作者
Author: chaosteven 时间: 2019-4-24 23:05
标题: Gromacs GPU版本安装问题及显卡选择求助
各位大神，请问一下我按照百度文库的方法（https://wenku.baidu.com/view/db412ce9a6c30c2258019e42.html）安装GPU版的Gromacs，到了最后编译GPU版Gromacs的时候出现如下错误：
sudo cmake .. -DFFTWF_LIBRARY=/opt/fftw/lib/libfftw3f.so -DFFTWF_INCLUDE_DIR=/opt/fftw/include-DGMX_GPU=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-2018.1-gpu

-- Could NOT find OPENCL (missing: OPENCL_LIBRARY OPENCL_INCLUDE_DIR)
CMake Error at cmake/gmxManageOpenCL.cmake:51 (message):
OpenCL not found.
Call Stack (most recent call first):
CMakeLists.txt:232 (include)

-- Configuring incomplete, errors occurred!
See also "/home/steven/软件/GMX/gromacs-2018.1/build-gpu/CMakeFiles/CMakeOutput.log".
See also "/home/steven/软件/GMX/gromacs-2018.1/build-gpu/CMakeFiles/CMakeError.log".

请问这个OpenCL是什么，这个问题如何解决呢？还有就是我现在的显卡是P2000，GPU加速效果会不会提升很小，换成RTX2060会不会好很多？
盼望各位大神的回复，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-24 23:06
甭信百毒文库的东西，一多半都是坑爹的
而且那都是过时的版本，该怎么以最正确的方式安装最新版本仔细看
GROMACS的安装方法（含全程视频演示）
http://sobereva.com/457（http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html）
GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支持GPU加速）
http://sobereva.com/458（http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html）

OpenCL是和CUDA并列的实现GPU加速的方式，编写语言不同。n卡用户不用管
路径别里别有中文，否则后患无用

适合GPU加速跑gmx的显卡此文文末说了
计算化学购机配置推荐
http://sobereva.com/444（http://bbs.keinsci.com/thread-11041-1-1.html）
Quadro P2000忒弱

作者
Author: chaosteven 时间: 2019-4-24 23:58
好的，谢谢sob老师如此迅速的回复，明天我按您给的教程装一下试试，请问下这个教程对Ubuntu18.04和Gromacs2018.1是适用的吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-25 12:19

chaosteven 发表于 2019-4-24 23:58
好的，谢谢sob老师如此迅速的回复，明天我按您给的教程装一下试试，请问下这个教程对Ubuntu18.04和Gromacs2 ...

对2018.1，linux版帖子适用，windows版帖子不适用
ubuntu我不确定，我极不喜欢ubuntu，也因此没测试过ubuntu
CentOS是最适合做科学计算的主流Linux发行版

作者
Author: chaosteven 时间: 2019-4-25 13:11
好的，谢谢，我按您的帖子试试。

作者
Author: chaosteven 时间: 2019-4-26 11:25
老师，我搞好了，RTX2060 GPU加速十分有效，速度是未用GPU加速的6-10倍。太谢谢您了～

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