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标题: VMD怎么统计MD后产物的分子类型和分子数？ [打印本页]

作者
Author: 莫落 时间: 2019-4-25 10:24
标题: VMD怎么统计MD后产物的分子类型和分子数？
如题，做完热分解，最烦的就是统计每种产物的数目了，不知道vmd中有没有相应的脚本可以统计各个分子的类型和数目？

作者
Author: ddls2017 时间: 2019-4-25 10:32
同求！我也刚问了。

，麻烦楼主得手后分享一下，

作者
Author: mol 时间: 2019-4-25 10:42
铜球

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-25 12:24
自己根据实际情况想个算法，写个tcl脚本，几十行足矣搞定

作者
Author: 莫落 时间: 2019-4-25 14:00

sobereva 发表于 2019-4-25 12:24
自己根据实际情况想个算法，写个tcl脚本，几十行足矣搞定

社长，能不能提供一些简单的思路？例如统计一下CO2的数量
不太熟悉Tcl脚本
谢谢了！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-26 02:56

莫落发表于 2019-4-25 14:00
社长，能不能提供一些简单的思路？例如统计一下CO2的数量
不太熟悉Tcl脚本
谢谢了！

诸如循环每个碳，计算距离它比如1.6埃内氧的数目，如果正好是2，累加变量就加1

作者
Author: 赤松子 时间: 2019-4-26 08:44
同求

作者
Author: goosebay 时间: 2021-9-27 11:04
请问一下ms中的gulp模块热解后是否可以得到热解产物的统计信息

作者
Author: 莫落 时间: 2021-9-27 21:32

goosebay 发表于 2021-9-27 11:04
请问一下ms中的gulp模块热解后是否可以得到热解产物的统计信息

MS里应该很好统计，MS里有模块可以直接调用

作者
Author: goosebay 时间: 2021-9-28 08:50

莫落发表于 2021-9-27 21:32
MS里应该很好统计，MS里有模块可以直接调用

请问可以给个思路吗？我鼓捣了好久也不知道gulp模块热解后怎么进行小分子的统计，gulp analysis里没找到相关的功能。我看用lammps的好像都是自己写脚本来统计，不过对于ms用起来都比较吃力的我来说感觉太复杂了。谢谢大佬解答

作者
Author: xinxinup 时间: 2021-9-28 09:05
本帖最后由 xinxinup 于 2021-9-28 20:09 编辑

Lammps自带的fix reax/c/species可以统计产物种类

作者
Author: 莫落 时间: 2021-10-5 10:24

goosebay 发表于 2021-9-28 08:50
请问可以给个思路吗？我鼓捣了好久也不知道gulp模块热解后怎么进行小分子的统计，gulp analysis里没找到 ...

MS里有assign molecules的功能，根据其成键判据调用一下，就能得到体系了所用分子的分子式了

作者
Author: 腾飞 时间: 2021-12-5 22:49

goosebay 发表于 2021-9-28 08:50
请问可以给个思路吗？我鼓捣了好久也不知道gulp模块热解后怎么进行小分子的统计，gulp analysis里没找到 ...

请问你找到方法了吗，我也遇到了同样的问题。

作者
Author: zdc 时间: 2022-10-18 11:01

莫落发表于 2021-10-5 10:24
MS里有assign molecules的功能，根据其成键判据调用一下，就能得到体系了所用分子的分子式了

你好，我在MS教程中看到AssignMolecules功能是自动将分子分配给文件中的片段，给的示例是用这个功能创建了一个分子结构，请问怎么做到让它统计已有文件里的分子组分和含量呢？

作者
Author: wangqian123 时间: 2023-4-24 21:02

xinxinup 发表于 2021-9-28 09:05
Lammps自带的fix reax/c/species可以统计产物种类

那输出之后，如何进行绘图呢，比如说绘制基团数量随时间的变化

作者
Author: 小马baby 时间: 2024-2-27 17:35

xinxinup 发表于 2021-9-28 09:05
Lammps自带的fix reax/c/species可以统计产物种类

想请问一下如果不用反应力场跑MD，lammps用什么命令可以统计生成物呢

作者
Author: 竹溪 时间: 2024-7-7 22:23

wangqian123 发表于 2023-4-24 21:02
那输出之后，如何进行绘图呢，比如说绘制基团数量随时间的变化

请问您解决了吗随着模拟时间统计物种的数目的变化的脚本

作者
Author: ma455173220 时间: 2024-7-8 07:12

竹溪发表于 2024-7-7 22:23
请问您解决了吗随着模拟时间统计物种的数目的变化的脚本

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