计算化学公社

标题: 求助大家如何通过计算考虑范德华作用力 [打印本页]

作者
Author: 石头 时间: 2019-4-25 17:24
标题: 求助大家如何通过计算考虑范德华作用力
本人做有机小分子的电荷传输性质，在计算方法部分提到由于有机分子之间主要是范德华作用力，故选用了跳跃模型。最近投的文章审稿人问：“The authors references to the importance of van der Waals interactions in “Computational Methods”section. To verify the van der Waals interaction effects, the authors shouldperform geometrical optimization and charge transfer calculations at least forone studied system, properly considering the dispersion corrections.”请问各位大神如何考虑这种范德华作用力呢？审稿人提出的几何构型优化和电荷转移计算指的是邻近两个分子之间还是一个单分子呢？这个电荷转移计算指的是什么呢？烦请各位大神指点，不胜感激！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-26 02:13
如果你当前用的计算级别没法考虑色散作用，需要用能考虑色散作用的级别，参考
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83

如果当前优化用的级别已经可以合理考虑色散作用对优化的影响，告诉审稿人这一点就行了。

电荷转移计算这点没有上下文不好说，或许是指让你用能恰当考虑色散作用的级别进行几何优化，再去用Marcus之类讨论电荷转移的模型算相关问题

作者
Author: 石头 时间: 2019-4-26 07:55

sobereva 发表于 2019-4-26 02:13
如果你当前用的计算级别没法考虑色散作用，需要用能考虑色散作用的级别，参考
谈谈“计算时是否需要加DFT- ...

非常感谢SOB老师，我再仔细研究一下您的博文。

作者
Author: 石头 时间: 2019-5-9 15:25

sobereva 发表于 2019-4-26 02:13
如果你当前用的计算级别没法考虑色散作用，需要用能考虑色散作用的级别，参考
谈谈“计算时是否需要加DFT- ...

请教Sob老师，我选用B3LYP-D3/6-311+G(d)优化一个纯有机二聚体（这个二聚体原子数大概200，另外一个二聚体是100多），想优化完再做COUNTERPOISE,来考虑范德华作用力。可是优化了好多天还没有结果，不知道我选用这个级别是否可行。这个体系有点大，因为二聚体来自晶体结构，如果不优化直接做COUTERPOISE能行吗？或者是不是可以选择一个优化快一点的级别来做呢？我的输入文件请您帮我看一下吧，非常感谢您！
%chk=dimer6
%mem=8GB
%nprocshared=16
%NProcLinda=1
#p opt rb3lyp/6-311+g(d) EmpiricalDispersion=GD3 geom=connectivity scf=conver=6

dimer6

0 1

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-10 10:44

石头发表于 2019-5-9 15:25
请教Sob老师，我选用B3LYP-D3/6-311+G(d)优化一个纯有机二聚体（这个二聚体原子数大概200，另外一个二聚 ...

用6-311G*就够了，没必要弥散
优化时候不要用scf=conver=6
用GD3BJ而不要用GD3
X光衍射测不准氢的位置，用晶体结构的话至少也得把氢原子进行优化

作者
Author: 石头 时间: 2019-5-10 15:14

sobereva 发表于 2019-5-10 10:44
用6-311G*就够了，没必要弥散
优化时候不要用scf=conver=6
用GD3BJ而不要用GD3

Sob老师的意思是我可以固定分子骨架，只优化氢原子吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-10 16:32

石头发表于 2019-5-10 15:14
Sob老师的意思是我可以固定分子骨架，只优化氢原子吗？

作者
Author: 石头 时间: 2019-5-10 16:57

sobereva 发表于 2019-5-10 16:32
y

非常感谢SOB老师！

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