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标题: 求助，我想要让多个相同的分子平均充斥在一个盒子，该如何实现？ [打印本页]

作者
Author: xxj9618 时间: 2015-6-18 16:27
标题: 求助，我想要让多个相同的分子平均充斥在一个盒子，该如何实现？
本帖最后由 xxj9618 于 2015-6-18 16:45 编辑

如图，每一个点代表一个分子且相同，我也想把我的一个分子做到这样平均排布，请问使用MS该如何完成？或者其他工具实现。

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-6-18 16:58
可以使用packmol实现，http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/ ,输出为pdb格式，这样MS就可以打开了

作者
Author: xxj9618 时间: 2015-6-18 17:03

ruanyang 发表于 2015-6-18 16:58
可以使用packmol实现，http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/ ,输出为pdb格式，这样MS就可以打开了

谢谢啊，我去学习一下看看

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-18 23:28
packmol印象中做不到这一点，只能是限定个空间范围，在里面随机排布
你用gromacs里的genconf工具可以实现目的，比如genconf -f a.pdb -o b.pdb -nbox a b c代表将a.pdb向三个方向平移复制a/b/c次得到b.pdb。注意a.pdb里得包含盒子尺寸信息。

作者
Author: qwoop 时间: 2015-6-19 11:49
本帖最后由 qwoop 于 2015-6-19 14:35 编辑

用MS可以建简单立方周期盒子，扩展成超胞，再去掉周期性即可，屡试不爽。

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-6-19 18:06
Sob 老师，packmol 应该是可以的，我们可以按照固定的距离设置一个unit cell，然后向楼上所说的扩展成超晶包，应该可行吧！

作者
Author: xxj9618 时间: 2015-6-19 20:54
真的是万分感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-21 02:46

ruanyang 发表于 2015-6-19 18:06
Sob 老师，packmol 应该是可以的，我们可以按照固定的距离设置一个unit cell，然后向楼上所说的扩展成超晶 ...

设晶胞并复制延展的话，和用MS或者genconf实现其实就一样了。倒用不着packmol

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-6-21 07:42
嗯，谢谢Sob老师的解答

作者
Author: xxj9618 时间: 2015-6-26 14:14

sobereva 发表于 2015-6-21 02:46
设晶胞并复制延展的话，和用MS或者genconf实现其实就一样了。倒用不着packmol

请问sob老师，这个a.pdb里面包含盒子尺寸信息是如何做到的，万分打扰了

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-26 14:39

xxj9618 发表于 2015-6-26 14:14
请问sob老师，这个a.pdb里面包含盒子尺寸信息是如何做到的，万分打扰了

在开头用CRYST1字段定义盒子尺寸，比如
CRYST1 68.249 68.249 68.249  90.00  90.00  90.00 P 1          1
ATOM    1  N GLY X 1    41.960 7.950  31.130  0.00  0.00
ATOM    2  H1  GLY X 1    41.800 7.950  30.140  0.00  0.00
ATOM    3  H2  GLY X 1    42.900 8.210  31.340  0.00  0.00

作者
Author: xxj9618 时间: 2015-6-29 10:03

sobereva 发表于 2015-6-26 14:39
在开头用CRYST1字段定义盒子尺寸，比如
CRYST1 68.249 68.249 68.249 90.00 90.00 90.00 P 1 ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: fhh2626 时间: 2015-6-29 11:21
用vega ZZ实现这个也很容易

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