计算化学公社

标题: 请问如何将amber计算轨迹后的每一帧都叠加到一张图里面 [打印本页]

作者
Author: delbert 时间: 2019-4-26 09:16
标题: 请问如何将amber计算轨迹后的每一帧都叠加到一张图里面
在公社的帮助下已经解决了MD的运行和设置问题，谢谢大家的帮助。
这里有个新的问题。
最近期再做小分子在不同突变酶里面的模拟，得到了结果。想把2ns的模拟结果的轨迹叠加在一起。请问有软件可以实现这个功能吗？
类似于这中图片，还有一个问题，如何用统计的方法来表述我蛋白质中的小分子确实已经出现在了两种不同的分子构型？谢谢

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作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-26 10:57
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“两种不同的分子构型”指代不明
如果你是指出现了两种构象，用对某个特征性的几何参数绘制随时间变化的图像，或者进行分布统计来说明这点。或者对小分子进行叠合（align）后，把所有帧叠加到一起显示也可以体现

作者
Author: delbert 时间: 2019-4-26 11:12

sobereva 发表于 2019-4-26 10:57
“两种不同的分子构型”指代不明
如果你是指出现了两种构象，用对某个特征性的几何参数绘制随时间变 ...

您好：
我并没有参见GROMACS的培训班，今年才接触的MD，赶不上6月的培训。
这个是VMD软件吗？能说的再具体一些吗
谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-27 01:22

delbert 发表于 2019-4-26 11:12
您好：
我并没有参见GROMACS的培训班，今年才接触的MD，赶不上6月的培训。
这个是VMD软件吗？能说的再 ...

显然是

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