计算化学公社

标题: 求助执行parmed的问题--已解决！ [打印本页]

作者
Author: hzamber 时间: 2019-4-26 19:43
标题: 求助执行parmed的问题--已解决！
本帖最后由 hzamber 于 2019-4-29 18:20 编辑

安装amber时内置了parmed，但是执行时报错如下：
[xxx@localhost bin]$ parmed
Traceback (most recent call last):
  File "/home/xxx/amber18/bin/parmed", line 6, in <module>
from pkg_resources import load_entry_point
  File "/home/xxx/amber18/miniconda/lib/python2.7/site-packages/setuptools-27.2.0-py2.7.egg/pkg_resources/__init__.py", line 2985, in <module>
  File "/home/xxx/amber18/miniconda/lib/python2.7/site-packages/setuptools-27.2.0-py2.7.egg/pkg_resources/__init__.py", line 2971, in _call_aside
  File "/home/xxx/amber18/miniconda/lib/python2.7/site-packages/setuptools-27.2.0-py2.7.egg/pkg_resources/__init__.py", line 2998, in _initialize_master_working_set
  File "/home/xxx/amber18/miniconda/lib/python2.7/site-packages/setuptools-27.2.0-py2.7.egg/pkg_resources/__init__.py", line 660, in _build_master
  File "/home/xxx/amber18/miniconda/lib/python2.7/site-packages/setuptools-27.2.0-py2.7.egg/pkg_resources/__init__.py", line 968, in require
  File "/home/xxx/amber18/miniconda/lib/python2.7/site-packages/setuptools-27.2.0-py2.7.egg/pkg_resources/__init__.py", line 854, in resolve
pkg_resources.DistributionNotFound: The 'ParmEd==3.0.0+57.g74a84d30' distribution was not found and is required by the application

如果先进入python，执行报错如下：
>>> parmed
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
NameError: name 'parmed' is not defined

如何使用parmed修改prmtop文件？简单举例说明一下。
谢谢！

作者
Author: agent99 时间: 2019-4-27 02:40
感觉是没安装好啊，或者找到parmed.py文件试着运行一下？另外你的第二种方法肯定是不对的，parmed不是python的命令不能这么用

作者
Author: hzamber 时间: 2019-4-28 21:30

agent99 发表于 2019-4-27 02:40
感觉是没安装好啊，或者找到parmed.py文件试着运行一下？另外你的第二种方法肯定是不对的，parmed不是pytho ...

我重新安装了一下amber，安装完毕后，执行pamred没有问题，如下：
parmed

                              /^^^/          /]
                              / ]          / ]
                     _______/ ]___    /  ]
                     /             \_____/ /
                  _/ [@]  \ \             \
                  /..       | |             ]
                  VVVvvv\ | |       _/\ ]
      P A R M E D    |             / \  ]
                  AAA^^^^^             /    \]
                  \_________\ \_____/
                              \ \
                              \____\

ParmEd: a Parameter file Editor

Reading input from STDIN...
>

重新启动一个终端还是出现上面的报错。

是不是需要设置什么环境变量。

作者
Author: agent99 时间: 2019-4-30 08:10
重新启动一个终端还是出现上面的报错。

那应该就是环境变量的问题了，你仔细看下Amber安装教程里面关于PATH，bashrc之类的东西

作者
Author: 347lixin 时间: 2023-3-16 23:42
在linux子系统中安装ParmEd，根据官网的命令行 python -m pip install git+https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/ParmEd.git@v3.4，安装ParmEd，发现不行，然后通过wget https://codeload.github.com/ParmEd/ParmEd/tar.gz/refs/tags/4.0.0自己下载了最新的安装包，解压，进入解压后的文件夹，通过python setup.py install 一直出现错误，有大佬知道应该怎么办吗？？

作者
Author: dxf 时间: 2024-6-28 14:43

347lixin 发表于 2023-3-16 23:42
在linux子系统中安装ParmEd，根据官网的命令行 python -m pip install git+https://github.com/Valdes-Tre ...

我也是这个问题，请问你解决了吗

作者
Author: dxf 时间: 2024-6-28 15:01

dxf 发表于 2024-6-28 14:43
我也是这个问题，请问你解决了吗

解决了，在这个地方下载https://github.com/ParmEd/ParmEd/releases，，自行安装就行

作者
Author: dxf 时间: 2024-6-28 16:00

dxf 发表于 2024-6-28 15:01
解决了，在这个地方下载https://github.com/ParmEd/ParmEd/releases，，自行安装就行

下载3.4.3版本放在路径下， pip install /xxx/xx/ParmEd-3.4.3.tar.gz就可以

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)