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标题: 为什么amber产生的轨迹文件vmd识别不了 [打印本页]

作者
Author: delbert 时间: 2019-4-26 22:30
标题: 为什么amber产生的轨迹文件vmd识别不了
amber产生的轨迹文件vmd识别不了
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作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2019-4-27 17:15
VMD是不识别.nc文件的，所以用cpptraj读取.nc然后保存成.mdcrd文件

然后用md打开.prmtop文件，再对.prmtop文件载入.mdcrd文件
（注意.prmtop文件与.mdcrd文件要内容对应，即要么都有水分子和Na+，Cl-什么的，要么都去除，不能一个又一个没有）

作者
Author: delbert 时间: 2019-4-28 09:56

DoubeeTwT 发表于 2019-4-27 17:15
VMD是不识别.nc文件的，所以用cpptraj读取.nc然后保存成.mdcrd文件

然后用md打开.prmtop文件，再对.prmt ...

谢谢你你这个头像我喜欢

作者
Author: delbert 时间: 2019-4-28 10:07
本帖最后由 delbert 于 2019-4-28 10:10 编辑

自己发帖自己回感觉溜溜的
在公社的帮助下问题解决了，一些细节问题分享给和我一样的小白
如果你是Linux系统那么直接
vmd -parm7 ***.prmtop -netcdf ***.nc
解决所有
如果你是像我一样用的win10下没有窗口的模式的Linux子系统，或者用的VMD win版，那么你可以通过以下两种方法：
1.模拟的脚本文件里加上这两个（有风险amber官方并不推荐使用 ASCII format，不够精确）
ntxo=1, ! Write coordinate file in ASCII format
ioutfm=0, ! Write trajectory file in ASCII format
2.用cpptraj去水的时候这样写
parm ***.parm7
trajin ***.nc
autoimage
strip :WAT
trajout ****.stripnc crd
然后就可以了

作者
Author: abdoman 时间: 2019-4-28 10:28

DoubeeTwT 发表于 2019-4-27 17:15
VMD是不识别.nc文件的，所以用cpptraj读取.nc然后保存成.mdcrd文件

然后用md打开.prmtop文件，再对.prmt ...

不要误导，vmd（我的版本1.94）在选择格式的时候，针对netcd有一个专门的选择项。Netcdf（AMBER, MMTK)

作者
Author: delbert 时间: 2019-4-30 19:28

abdoman 发表于 2019-4-28 10:28
不要误导，vmd（我的版本1.94）在选择格式的时候，针对netcd有一个专门的选择项。Netcdf（AMBER, MMTK)

看清楚操作系统了吗
vmd19.3 win10版有吗？？？？

作者
Author: abdoman 时间: 2019-5-6 09:25

delbert 发表于 2019-4-30 19:28
看清楚操作系统了吗
vmd19.3 win10版有吗？？？？

https://www.ks.uiuc.edu/Developm ... cgi?PackageName=VMD

作者
Author: hangmint 时间: 2021-11-8 16:34

delbert 发表于 2019-4-28 10:07
自己发帖自己回感觉溜溜的
在公社的帮助下问题解决了，一些细节问题分享给和我一样的小白
如果你是Linux ...

想问一下nc怎么转化成cdf,因为我跑出来的是cdf,我现在想测试一个脚本，所以需要nc格式的文件

作者
Author: 霜晨月 时间: 2023-6-2 16:14

abdoman 发表于 2019-4-28 10:28
不要误导，vmd（我的版本1.94）在选择格式的时候，针对netcd有一个专门的选择项。Netcdf（AMBER, MMTK)

请问现在win版VMD真的可以读取.nc轨迹了吗？我用的是最新的alpha版vmd194a53win64，读不了.nc，也没有这个格式选项。

另外Amber maillist有一封2022年的邮件说：
Date: Mon, 14 Mar 2022 11:00:28 +0530
HI
Unfortunately, on windows, netcdf trajectories are not yet supported on VMD
You can try WSL on windows, on which you can load Ubuntu and install VMD on
that.
I hope this will work for you.

是不是win版安装之后还需要再编译或安装什么netcdf插件？找了很久，也没找到。
谢谢
@k64_cc

作者
Author: abdoman 时间: 2023-6-7 14:44

霜晨月发表于 2023-6-2 16:14
请问现在win版VMD真的可以读取.nc轨迹了吗？我用的是最新的alpha版vmd194a53win64，读不了.nc，也没有这 ...

不好意思，给你带来误会。
VMD win版是没法直接读netcdf的。
既然你有netcdf，如果文件不大的话，可以考虑用cpptraj 转一下格式，转成mdcrd。然后在VMD win下面读取。

作者
Author: sayhello 时间: 2024-10-26 11:55
我转成mdcrd后，VMD可视化发现有很多不合理的键，应该是PBC没处理好造成的，大佬们有什么建议吗

作者
Author: student0618 时间: 2024-10-26 12:42

sayhello 发表于 2024-10-26 11:55
我转成mdcrd后，VMD可视化发现有很多不合理的键，应该是PBC没处理好造成的，大佬们有什么建议吗

cpptraj先autoimage 再输出

作者
Author: sayhello 时间: 2024-10-26 14:29
本帖最后由 sayhello 于 2024-10-26 14:31 编辑

student0618 发表于 2024-10-26 12:42
cpptraj先autoimage 再输出

感谢指导，有一定的帮助，但是没有完全缓解
这是我处理轨迹的cpptraj脚本:

parm ../../step5_input.parm7
trajin ../../step7_*.nc
strip :PA,PH-,OL,K+,Cl-
autoimage :1-282
trajout ../../gpcr_skip500_solvated.mdcrd crd offset 500
go
quit

复制代码

然后我用VMD可视化，选取其中几个氨基酸作为举例。可以发现第一帧比较正常，第二帧键长键角就不对了。

请问这种情况怎么解决

作者
Author: sayhello 时间: 2024-10-26 15:27

sayhello 发表于 2024-10-26 14:29
感谢指导，有一定的帮助，但是没有完全缓解
这是我处理轨迹的cpptraj脚本:

先自问自答一下，暂时使用MDAnalyis读取mdcrd，然后RMSD叠合轨迹，在保存为XTC文件后，VMD显示正常，后续分析也正常。

单纯mdcrd为啥不正常还是不清楚原因

作者
Author: student0618 时间: 2024-10-26 22:55

sayhello 发表于 2024-10-26 15:27
先自问自答一下，暂时使用MDAnalyis读取mdcrd，然后RMSD叠合轨迹，在保存为XTC文件后，VMD显示正常，后续 ...

cpptraj 也可直接rmsd叠合+output xtc轨迹，未必需要用mdanalysis

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