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标题: 对接以后的小分子只出现在受体表面怎么办 [打印本页]

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Yoghurt    时间: 2019-4-27 11:48
标题: 对接以后的小分子只出现在受体表面怎么办
请问,用Autodock Vina将小分子与受体进行对接以后,小分子只出现在受体表面,affinity最小的-6.8kcal/mol,看起来根本没有对接上,可能是什么原因导致的?试过用Autodock中的run docking直接对接结果也是一样的。怎么设置能让小分子对接到受体内部?谢谢!
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DoubeeTwT    时间: 2019-4-27 17:12
不是很清楚的的体系是什么样子的,我主要做小分子对接大蛋白用Autodock
我记得其中有一步是选择对接口袋的位置(box),不知道你的box的位置是不是在小分子的内部?(也许你就默认了那个0,0,0的初始位置没有改动,或者box给的体积太大了)
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Yoghurt    时间: 2019-4-27 17:53
DoubeeTwT 发表于 2019-4-27 17:12
不是很清楚的的体系是什么样子的,我主要做小分子对接大蛋白用Autodock
我记得其中有一步是选择对接口袋的 ...

谢谢回复。由于这个体系没有活性位点的报道,所以我把盒子设置的很大,把整个蛋白包裹,结果对接以后小分子只出现在了蛋白表面附近,没有成键,相互作用也很小 。
请教一下,初始体系中小分子和蛋白需要靠近吗?
你说“box的位置是不是在小分子的内部”,为什么要设置box在分子上呢?不是应该box建立在蛋白上,不管小分子离蛋白多远都能自己进入盒子吗?
谢谢
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DoubeeTwT    时间: 2019-4-27 18:44
Yoghurt 发表于 2019-4-27 17:53
谢谢回复。由于这个体系没有活性位点的报道,所以我把盒子设置的很大,把整个蛋白包裹,结果对接以后小分 ...

如果不知道活性位点的确就比较尴尬了。。。

box就是限制它小分子对接的取样范围,然后在这个范围中对接并筛选结合最好的构象,如果你把box范围设置的很大就会导致采样空间巨大,不知道你是取了多少构象。。。那么大的采样空间可能几百几千个都不够。

我一般都是知道蛋白质的催化位点的,而且一般蛋白质也有底物口袋,比较好对接。如果你这样的话建议先推测(化学直觉,或者同源建模的位置)若干个可能的对接位置,然后用小box限制在那个位置做对接(我看你这个小分子和对接的片段都不大,可以多采点样)。

毕竟我也只是学过一点点,平时大多用的是已知结合位点的做对接。你这个情况我也不保证我说的一定对,但我觉得可以一试,希望有帮助吧(万一sob老师过来打我的脸给自己一个台阶下,逃~
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sobereva    时间: 2019-4-28 03:52
你可以把小分子放到你预计会出现的蛋白内部区域,然后跑动力学,最后小分子喜欢怎么结合,一分析轨迹自然就清楚了




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