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标题: gaussian03 linda版集群安装问题 [打印本页]

作者
Author: mol 时间: 2019-4-28 13:39
标题: gaussian03 linda版集群安装问题
各位老师好：

准备在集群上装个gaussian03试试，集群环境是NIS+NFS+Torque+Maui+mpiexec，步骤主要参考了sob老师的http://sobereva.com/47，区别是并未安装在root用户下，是用普通用户chem安装的，

并且把环境变量写入了chem用户家目录下的.bashrc中

export g03root=/home/chem
source /home/chem/g03/bsd/g03.profile
export GAUSS_SCRDIR=/home/chem/g03/scratch
export GAUSS_LFLAGS='-vv -nodelist "node91 node92 node93 node94 node95 node96 node97 node98"'

输入命令测试

g03l < test2.gjf | tee test2.out

结果返回

setenv GAUSS_EXEDIR /home/chem/g03/linda-exe:/home/chem/g03/bsd:/home/chem/g03/private:/home/chem/g03
g03
g03: Command not found.

请问各位老师有可能是什么问题，多谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-28 13:54
研究研究g03.profile内容肯定能弄清楚

作者
Author: mol 时间: 2019-4-28 22:03

sobereva 发表于 2019-4-28 13:54
研究研究g03.profile内容肯定能弄清楚

谢谢sob老师，仔细检查了下不是g03.profile的问题，
我直接g03 < test2.gjf | tee test2.out测试，报错：

Erroneous write during file extend. write 448 instead of 4096
Probably out of disk space.
Write error in NtrExt1: No such file or director

复制代码

root下echo 0 > /proc/sys/kernel/randomize_va_space解决了，
后来又报错，/lib/ld-linux.so.2: bad ELF interpreter: No such file or directory
yum install glibc.i686后解决
然后又报错libgcc_s.so.1 must be installed for pthread_cancel to work
yum install libgcc.i686后解决
以上问题解决后g03l < test2.gjf | tee test2.out运行正常。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-29 04:40

mol 发表于 2019-4-28 22:03
谢谢sob老师，仔细检查了下不是g03.profile的问题，
我直接g03 < test2.gjf | tee test2.out测试，报错 ...

linda版运行之前肯定得先确保非linda版能正常使用...

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