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标题: vasp计算40核比28核慢了一大截 [打印本页]

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2019-4-29 09:37
标题: vasp计算40核比28核慢了一大截
本帖最后由灰飞的旋律于 2019-4-29 09:51 编辑

请问下我做VASP计算，HSE泛函算DOS，可是我的双路E5 2673V4（2.3HGz 共40物理核，4根2400MHZ 32G内存条）比双路 E5 2680v4（2.4GHz 共28物理核，8根2400MHZ 8G内存条）计算速度反而慢了一大截呢，迭代一次耗时，也就是LOOP，前者21333秒，后者16545秒，那么实际耗时前者5.9小时，后者4.6小时，40核INCAR里NCORE=5, 28核设置的4.，没有开超线程
请问比较有可能会是哪些原因呢

作者
Author: 啦啦黑还黑 时间: 2019-4-29 13:17
很大的可能性是内存条没有插满，把内存条插满了试试？

作者
Author: 一颗赛艇 时间: 2019-4-29 14:07
哈哈哈哈哈哈

又一个不会看配置被（政采）奸商坑了的
VASP据说吃内存带宽，再插4根2400MHZ 32G内存条

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2019-4-29 14:19
本帖最后由灰飞的旋律于 2019-4-29 15:26 编辑

啦啦黑还黑发表于 2019-4-29 13:17
很大的可能性是内存条没有插满，把内存条插满了试试？

意思是我现在是四通道，再来四根组成八通道？？是这意思吗这是现在的内存安装顺序,主板一共8个插槽
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作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2019-4-29 14:21

一颗赛艇发表于 2019-4-29 14:07
哈哈哈哈哈哈

又一个不会看配置被（政采）奸商坑了的

自己选的配置

价格还好，没有被坑，确定再来四根可以增加计算速度吧？？那我就和老师商量下，再增加

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2019-4-29 14:51

灰飞的旋律发表于 2019-4-29 14:21
自己选的配置价格还好，没有被坑，确定再来四根可以增加计算速度吧？？那我就和老师商量下，再增加

有没有可能是我用的核数太多了，计算产生数据过多，内存带宽跟不上了，如果减少核数反而会提升计算速度

作者
Author: 啦啦黑还黑 时间: 2019-4-29 16:52

灰飞的旋律发表于 2019-4-29 14:21
自己选的配置价格还好，没有被坑，确定再来四根可以增加计算速度吧？？那我就和老师商量下，再增加

你不是有8根8G的吗？先拆来试试，看看是不是内存的问题，再买不迟

作者
Author: niobium 时间: 2019-4-29 17:29
是不是核数的问题，自己做个测试就知道了

作者
Author: hakuna 时间: 2019-4-29 18:07
2673V4真这么弱吗?从参数上看不应该啊,四根内存条是有问题,期待真相

作者
Author: archer 时间: 2019-4-29 20:51
NPAR NCORE之类的参数试下

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2019-4-30 08:49

啦啦黑还黑发表于 2019-4-29 16:52
你不是有8根8G的吗？先拆来试试，看看是不是内存的问题，再买不迟

在机柜里面，不好拆啊，刚买的刚安进去，不知道拆了给不给保修了还

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2019-4-30 08:50

niobium 发表于 2019-4-29 17:29
是不是核数的问题，自己做个测试就知道了

嗯，还真和核数有关系

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2019-4-30 08:52
本帖最后由灰飞的旋律于 2019-4-30 08:57 编辑

hakuna 发表于 2019-4-29 18:07
2673V4真这么弱吗?从参数上看不应该啊,四根内存条是有问题,期待真相

如图，很有可能是内存带宽跟不上，node24是2680V4，node26是2673V4，HSE计算DOS，迭代一次LOOP随着核数减少而减少，核数减少速度反而快了，后者20核计算速度已经接近前者28核。这是不是说我确实需要加内存条了？？还有人说是并行计算调度的问题，不甚明了怎么理解？？？

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2019-4-30 08:55
本帖最后由灰飞的旋律于 2019-5-9 16:38 编辑

archer 发表于 2019-4-29 20:51
NPAR NCORE之类的参数试下

嗯嗯，测试过了，40核下测试的，node24是2680V4，node26是2673V4，NCORE=4和5时，HSE计算DOS，迭代一次LOOP分别为23645和21000多一点，但40核下并行计算设置也只能到5了，估计设成8计算速度又会降低

PS：后续测试发现，NCORE可以增加到10，计算速度相对于8时，提升已经不是特别明显了，一个电子步才加速了10分钟

作者
Author: hakuna 时间: 2019-5-8 10:15

灰飞的旋律发表于 2019-4-30 08:52
如图，很有可能是内存带宽跟不上，node24是2680V4，node26是2673V4，HSE计算DOS，迭代一次LOOP随着核数减 ...

关注2673v4一段时间了，一直觉得应该不错，尤其喜欢它的50MB的cache，刚搜了一下intel官网，竟然没找到这款产品，很奇怪。2680v4倒是有，参数和非官方网上介绍一致。

作者
Author: biogon 时间: 2019-5-8 10:29

灰飞的旋律发表于 2019-4-30 08:52
如图，很有可能是内存带宽跟不上，node24是2680V4，node26是2673V4，HSE计算DOS，迭代一次LOOP随着核数减 ...

你的内存带宽不够了，四通道双路至少得插8个内存条

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2019-5-9 16:45
本帖最后由灰飞的旋律于 2019-5-9 16:49 编辑

hakuna 发表于 2019-5-8 10:15
关注2673v4一段时间了，一直觉得应该不错，尤其喜欢它的50MB的cache，刚搜了一下intel官网，竟然没找到这 ...

三级缓存的影响大不大呢，对于VASP计算来说有多大呢？？我觉得40核还是太多了，内存带宽可能会有点跟不上，不知道选个32或者36核的但主频更高的，2.6GHz的，比如2690V4，但这样就不如买金牌6132了，毕竟主频都是比2673高0.3，但6132针脚是最新的，以后还可以升级CPU，就是三级缓存少了一半多，不清楚三级缓存和主频核数带宽这些因素对VASP计算来说哪几个占主要影响？？？如果知道的话，就可以挑选一款特别适合vasp计算的又平衡的CPU了

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2019-5-9 16:46
本帖最后由灰飞的旋律于 2019-5-9 16:47 编辑

biogon 发表于 2019-5-8 10:29
你的内存带宽不够了，四通道双路至少得插8个内存条

我也觉得是，准备插满，我的是ATX主板，只能插8根。那VASP计算是用EATX还是ATX板呢，毕竟前者可以有16个插槽，都插满相对于8插槽能有多大比例提升？？

作者
Author: biogon 时间: 2019-5-12 14:19

灰飞的旋律发表于 2019-5-9 16:45
三级缓存的影响大不大呢，对于VASP计算来说有多大呢？？我觉得40核还是太多了，内存带宽可能会有点跟不上 ...

6132也就能升级白金81xx或者黄金62xx 白金82xx，明年发布的换新接口LGA4189

作者
Author: biogon 时间: 2019-5-12 14:21

灰飞的旋律发表于 2019-5-9 16:46
我也觉得是，准备插满，我的是ATX主板，只能插8根。那VASP计算是用EATX还是ATX板呢，毕竟前者可以有16个 ...

够四通道就行，再加多了不能增加性能

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2019-5-12 14:45
本帖最后由灰飞的旋律于 2019-5-12 14:52 编辑

biogon 发表于 2019-5-12 14:19
6132也就能升级白金81xx或者黄金62xx 白金82xx，明年发布的换新接口LGA4189

LGA4189，这是给啥CPU准备的

作者
Author: biogon 时间: 2019-5-12 20:45

灰飞的旋律发表于 2019-5-12 14:45
LGA4189，这是给啥CPU准备的

下一代服务器U

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2019-5-31 12:41
本帖最后由灰飞的旋律于 2019-5-31 12:44 编辑

又加了四根，总共8根了，够双路四通道了，比原来双路双通道直接减少了40%的耗时。原来NCORE=10,40核用HSE06算DOS一步17222秒，现在10251秒

作者
Author: hakuna 时间: 2019-5-31 19:25

灰飞的旋律发表于 2019-5-31 12:41
又加了四根，总共8根了，够双路四通道了，比原来双路双通道直接减少了40%的耗时。原来NCORE=10,40核用HSE06 ...

看来2673v4表现还是可以的

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2019-5-31 20:57
本帖最后由灰飞的旋律于 2019-5-31 21:10 编辑

hakuna 发表于 2019-5-31 19:25
看来2673v4表现还是可以的

期待明年intel的新CPU架构配合明年新出的DDR5，那带宽，vasp跑GW又可以加速一两倍感觉。外行愚见，欢迎科普，莫喷

：啥时候NVM的带宽能跟上来，重要的是延迟也解决了，GW+BSE跑点几十个原子的体系不再是梦。话说NVM越来越成熟了，等用在HPC服务器上，像高斯这种高I/O的，基本上直接可以拿内存当硬盘了，到时候算力也得提升一大截

作者
Author: dutian_007 时间: 2019-6-14 15:44

灰飞的旋律发表于 2019-5-31 12:41
又加了四根，总共8根了，够双路四通道了，比原来双路双通道直接减少了40%的耗时。原来NCORE=10,40核用HSE06 ...

看的就是这个结果。

作者
Author: Picardo 时间: 2019-10-9 15:11
我觉得是核数太多的原因，楼主试下10核，16核的速度

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2019-10-9 21:36

Picardo 发表于 2019-10-9 15:11
我觉得是核数太多的原因，楼主试下10核，16核的速度

已经证实是内存带宽的问题了

作者
Author: biogon 时间: 2020-7-7 18:04

灰飞的旋律发表于 2019-5-31 20:57
期待明年intel的新CPU架构配合明年新出的DDR5，那带宽，vasp跑GW又可以加速一两倍感觉。外行愚见，欢迎科 ...

过了一年又翻到这个了，带宽和延迟是不可能都占了好的，NAND颗粒再玩延迟也就那样了，想压缩延迟就是傲腾这种下一代解决方案，还有就是在SSD和DRAM中间折中的傲腾DRAM，有大容量的情况下带宽和延迟也找了个平衡点，当然想用内存或者傲腾当硬盘都需要软件深度优化的，现行的计算软件就别想了，根本用不到那些性能

作者
Author: monk1077 时间: 2020-11-17 10:38
内存是否插满，
这两款CPU基频与全核睿频不一样。

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