计算化学公社

标题: 优化碳纳米管160个碳原子，一直报错 [打印本页]

作者
Author: shine 时间: 2019-5-2 14:24
标题: 优化碳纳米管160个碳原子，一直报错
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作者
Author: granvia 时间: 2019-5-2 14:36
增大SCFCYC循环次数试试

作者
Author: shine 时间: 2019-5-2 14:38

granvia 发表于 2019-5-2 14:36
增大SCFCYC循环次数试试

好的，我试一下，谢谢

作者
Author: granvia 时间: 2019-5-2 14:42

shine 发表于 2019-5-2 14:38
好的，我试一下，谢谢

不知道你的模型是两段加帽的碳管还是开口碳管？如是后者，必须用氢原子消除两端碳原子的悬键

作者
Author: shine 时间: 2019-5-2 14:44

granvia 发表于 2019-5-2 14:42
不知道你的模型是两段加帽的碳管还是开口碳管？如是后者，必须用氢原子消除两端碳原子的悬键

是开口碳管，用两端的碳原子用氢原子连接的

作者
Author: hakuna 时间: 2019-5-2 15:12
不怎么用G，这问题能用PBC玩儿么？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-2 16:07
仔细看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
绝对不要盲目增加SCF迭代次数，奏效几率极低，反倒还容易因此白浪费时间，博文里明确强调了。

用PBE算这种体系毫无好处，还容易招质疑。改用常用的B3LYP，还更容易SCF收敛。
几何优化别把SCF收敛限放宽。你这种体系只要结构没有什么硬伤，用B3LYP算，SCF收敛根本没有什么难的。

作者
Author: granvia 时间: 2019-5-2 16:34

sobereva 发表于 2019-5-2 16:07
仔细看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

得看具体情况。就lz这个问题，应看下SCF每步能量变化走向，如果能量一直降低有收敛趋势，可以提到SCF循环次数。另外，对于碳管这种经典成键体系，甚至可先用半经验方法取得较合理初猜几何构型，然后再用DFT优化。绝大多数SCF不收敛都是因初始几何构型不合理导致的

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-2 17:05

granvia 发表于 2019-5-2 16:34
得看具体情况。就lz这个问题，应看下SCF每步能量变化走向，如果能量一直降低有收敛趋势，可以提到SCF循环 ...

然而lz在提问时并没有体现出能量变化趋势（实际上从仅有的信息"Convg"的数值来看，即RMSDP，离默认的收敛限还有三个数量级），所以没有前提就鼓励使用解决SCF不收敛奏效几率最低的方法是不妥的。我的博文里也明确说了，只有看能量变化趋势，有收敛的苗头才适合增大迭代次数上限，所以我特意提及了不要“盲目”增大

仅当你观察迭代过程能量变化，发现随着迭代能量有缓慢降低，超过128步后继续迭代下去有希望收敛，才有必要加大循环次数上限，但极少会有这种情况出现。

关于几何结构不合理导致SCF难收敛这点的考虑，在我的博文里已经充分提及了

对于手动搭建的初始结构（往往结构偏离极小点较大），若使用某种想用的理论方法优化结构过程中出现SCF难收敛问题，除了使用有助于收敛的关键词、临时降低SCF标准外，也可以尝试先用其它对当前体系也基本合理的理论方法预优化（如使用半经验、用xtb程序做GFN-xTB），然后再改用实际要用的理论方法进一步优化，此时SCF不收敛的几率往往会减小很多。这方面更多的讨论看http://bbs.keinsci.com/thread-12578-1-1.html#pid86217。

作者
Author: granvia 时间: 2019-5-2 20:03

sobereva 发表于 2019-5-2 17:05
然而lz在提问时并没有体现出能量变化趋势（实际上从仅有的信息"Convg"的数值来看，即RMSDP，离默认的收敛 ...

有理有据。我错了

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2019-5-2 21:54

granvia 发表于 2019-5-2 20:03
有理有据。我错了

学术讨论，这局讨论没什么对错，作为旁观者，看到的是“理越辩越明”

作者
Author: shine 时间: 2019-5-3 12:58

sobereva 发表于 2019-5-2 16:07
仔细看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

好的，非常感谢

作者
Author: RES 时间: 2022-10-14 14:43

granvia 发表于 2019-5-2 14:42
不知道你的模型是两段加帽的碳管还是开口碳管？如是后者，必须用氢原子消除两端碳原子的悬键

请问老师，开口碳管为什么一定要加氢，我看过一篇文章做过不加氢的碳管的几何优化和振动分析，我打算重复他的工作。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-14 15:21

RES 发表于 2022-10-14 07:43
请问老师，开口碳管为什么一定要加氢，我看过一篇文章做过不加氢的碳管的几何优化和振动分析，我打算重复 ...

因为不加氢的开口碳管实验上很难做出来，算不加氢的开口碳管的实际意义不大。即使实验上能做出来（比如把不开口的碳管掰断，或者用plasma打断），断口的结构也会重构，需要对断口做退火才能算，直接画个没饱和的zigzag或armchair边缘估计也不符合实际情况。

作者
Author: RES 时间: 2022-10-14 16:14

wzkchem5 发表于 2022-10-14 15:21
因为不加氢的开口碳管实验上很难做出来，算不加氢的开口碳管的实际意义不大。即使实验上能做出来（比如把 ...

多谢老师

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