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标题: 计算红外光谱时的溶剂模型问题 [打印本页]

作者
Author: qazwer 时间: 2019-5-4 17:11
标题: 计算红外光谱时的溶剂模型问题
如题，计算红外光谱时，是否应采用溶剂模型，cpcm或smd？是否需要设置溶剂（与实验保持一致）

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-4 17:26
实验是什么溶剂就设什么溶剂

Gaussian里绝对不要用CPCM，这里明确批判了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

作者
Author: SSSjjjiao 时间: 2020-5-26 22:50

sobereva 发表于 2019-5-4 17:26
实验是什么溶剂就设什么溶剂

Gaussian里绝对不要用CPCM，这里明确批判了

老师，请问我的分子是一个水合物，实验过程是测得固体红外，计算红外光谱的话，我应该加水模型吗，加的话是加smd还是其他的？
红外强度计算的有参考价值吗？
怎么样才能模拟出和实验图谱相近的频率，我目前是加了基组的校正因子？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-27 05:13

SSSjjjiao 发表于 2020-5-26 22:50
老师，请问我的分子是一个水合物，实验过程是测得固体红外，计算红外光谱的话，我应该加水模型吗，加的话 ...

用显式水，不用隐式溶剂模型

作者
Author: SSSjjjiao 时间: 2020-5-27 11:34

sobereva 发表于 2020-5-27 05:13
用显式水，不用隐式溶剂模型

显示水是只要在氢键结合位点上加上还是要加很多把药物分子包裹在里面？
我目前是加载了结合位点上，二水就加了两个水，然后计算时带上了smd溶剂模型，这样可以么？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-29 07:40

SSSjjjiao 发表于 2020-5-27 11:34
显示水是只要在氢键结合位点上加上还是要加很多把药物分子包裹在里面？
我目前是加载了结合位点上，二 ...

晶体测出来应该有水的氧原子位置，实际中氧在哪水就放在哪，让氧的位置和实验一致，只优化氢原子。凡是与当前分子距离近的水都考虑

作者
Author: SSSjjjiao 时间: 2020-6-24 13:44
好的谢谢老师

作者
Author: SSSjjjiao 时间: 2020-7-8 16:55
本帖最后由 SSSjjjiao 于 2020-7-8 16:57 编辑

sobereva 发表于 2020-5-29 07:40
晶体测出来应该有水的氧原子位置，实际中氧在哪水就放在哪，让氧的位置和实验一致，只优化氢原子。凡是与 ...

sob老师
我现在已经培养出了单晶，计算上选择了与药物分子（41个原子）3.5埃范围内的所有水大概9个
第一种：冻结体系除了H原子，优化#p opt=cartesian b3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity em=gd3bj
尝试#p opt(gdiis,maxstep=10,notrust) b3lyp/6-31g(d,p) em=gd3bj和#p opt=recalc=5 b3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity em=gd3bj。
第二种：冻结了水分子氧原子的位置，进行优化#p opt=cartesian b3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity em=gd3bj 出现震荡。
问题，1、您说的只优化H原子是指第一种还是第二种？如果是第一种那我做的改进思路对吗？计算停掉应该是link 9999(应该不是算不动吧）
2、另外我还算了单独药物分子的振动#p opt=cartesian b3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity em=gd3bj ，可以和上述的改进（加了其他关键词）的结果进行比较吗？
3、我用VEDA分析振动模式，给出的结果是还需要*对应校正因子，才能和实验结果比较，对不？
祝好！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-9 07:06

SSSjjjiao 发表于 2020-7-8 16:55
sob老师
我现在已经培养出了单晶，计算上选择了与药物分子（41个原子）3.5埃范围内的所有水大概9个
第 ...

1 第一种。
第二种没意义

2 我都不知道你说的“改进”指什么

3 看不懂

作者
Author: SSSjjjiao 时间: 2020-7-9 12:28

sobereva 发表于 2020-7-9 07:06
1 第一种。
第二种没意义

sob老师
感谢您的指导
改进指的是，水合物体系在（#p opt=cartesian b3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity em=gd3bj）优化不能正常结束，改了关键词（比如在冗余内坐标下/更好的hessian矩阵/放宽收敛限），这和药物分子在（#p opt=cartesian b3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity em=gd3bj）几何优化和后续的振动分析结果可以比较吗？
还是说只要在相同的泛函和基组条件下，正常结束，对结果没有影响。
祝好

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-10 05:34

SSSjjjiao 发表于 2020-7-9 12:28
sob老师
感谢您的指导
改进指的是，水合物体系在（#p opt=cartesian b3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivi ...

原理上可以比较。但注意收敛限放宽的话频率精度受影响可能不小

作者
Author: SSSjjjiao 时间: 2020-7-10 09:26
本帖最后由 SSSjjjiao 于 2020-7-10 14:44 编辑

谢谢老师指导，经过尝试，我幸运的在冗余内坐标下完成了结构优化。但是做振动分析时出现了虚频（因为之前限制了大量原子，只优化了原子），这种情况正常么？得到的红外光谱还能作为参考吗？ (, 下载次数 Times of downloads: 13)
祝好！再次感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-13 11:53

SSSjjjiao 发表于 2020-7-10 09:26
谢谢老师指导，经过尝试，我幸运的在冗余内坐标下完成了结构优化。但是做振动分析时出现了虚频（因为之前限 ...

你冻了那么多原子必定会有虚频
如果你有实验谱，拿当前的和实验谱对照，如果还能对上，就OK了，如果不行，那就考虑做周期性计算吧

作者
Author: SSSjjjiao 时间: 2020-7-14 11:11
和实验谱还是可以对上的谢谢老师

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