计算化学公社

标题: 求助，lammps用伞状采样得到一系列文件和窗口之后，怎么画PMF曲线 [打印本页]

作者
Author: sakura 时间: 2019-5-6 10:56
标题: 求助，lammps用伞状采样得到一系列文件和窗口之后，怎么画PMF曲线
用的是colvars方法

作者
Author: fhh2626 时间: 2019-5-6 11:07
用伞状采样的话，需要用WHAM或者umbrella integration后处理才能得到PMF

既然你都用colvars了，为什么不用eABF或者MtD呢？方便多了啊

作者
Author: sakura 时间: 2019-5-6 11:22

fhh2626 发表于 2019-5-6 11:07
用伞状采样的话，需要用WHAM或者umbrella integration后处理才能得到PMF

既然你都用colvars了，为什么不 ...

要求使用伞状采样计算，不能用metadynamics。。。。。。。。。。。。。。
我提问没说清楚，请问一下，有没有办法不用把文件转到gromacs，直接在lammps下画出PMF曲线

作者
Author: k64_cc 时间: 2019-5-6 12:07

sakura 发表于 2019-5-6 11:22
要求使用伞状采样计算，不能用metadynamics。。。。。。。。。。。。。。
我提问没说清楚，请问一下，有 ...

你只需要CV的distribution，和具体的MD engine无关。

把每一帧CV的值存下来之后用这个
http://membrane.urmc.rochester.edu/?page_id=126

作者
Author: onehug 时间: 2021-4-1 21:54

k64_cc 发表于 2019-5-6 12:07
你只需要CV的distribution，和具体的MD engine无关。

把每一帧CV的值存下来之后用这个

请问有Wham使用的教程么

作者
Author: 函数与激情 时间: 2021-9-8 15:39

fhh2626 发表于 2019-5-6 11:07
用伞状采样的话，需要用WHAM或者umbrella integration后处理才能得到PMF

既然你都用colvars了，为什么不 ...

您好，请问eABF可以直接得到PMF曲线是吗？

作者
Author: fhh2626 时间: 2021-9-8 23:53

函数与激情发表于 2021-9-8 15:39
您好，请问eABF可以直接得到PMF曲线是吗？

当前版本的Colvars会直接输出*.pmf文件

作者
Author: 函数与激情 时间: 2021-9-9 09:18

fhh2626 发表于 2021-9-8 23:53
当前版本的Colvars会直接输出*.pmf文件

fu博士您好，我在超算中心上尝试使用eABF时候此关键词会报错，这是不是工程师安装的问题啊，我看最新版clovars手册里也确实有这个关键词的

作者
Author: fhh2626 时间: 2021-9-9 09:50

函数与激情发表于 2021-9-9 09:18
fu博士您好，我在超算中心上尝试使用eABF时候此关键词会报错，这是不是工程师安装的问题啊，我看最新版cl ...

你用的版本也太老了吧（起码是3年前的版本了），安装最新的NAMD 2.15beta或者3.0beta

作者
Author: 函数与激情 时间: 2021-9-9 22:10

fhh2626 发表于 2021-9-9 09:50
你用的版本也太老了吧（起码是3年前的版本了），安装最新的NAMD 2.15beta或者3.0beta

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2021-9-10 08:43

函数与激情发表于 2021-9-9 22:10
**** 本内容被作者隐藏 ****

看起来你用的可能是天河上的slurm作业调度系统。你可以先自己在Linux虚拟机里面试试看编译，然后用slurm的interactive run功能在天河上编译。

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