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标题: 动力学源码学习，求软件推荐 [打印本页]

作者
Author: abdoman 时间: 2015-6-22 20:21
标题: 动力学源码学习，求软件推荐
各位，想问一下，对于动力学想看看源码，学习学习。求推荐
要求：
1. 架构清晰，语法严谨，
2, 注释完备，易懂
3. 包含主流方法，如replica exchange等

对于软件语言，fortran 有基础，其他语言如c++需要学习。
有amber 的使用经验。
不知道desmond， abmer， namd，gromacs 以及其他有没有好的推荐？

作者
Author: 舍命为江山 时间: 2015-6-22 21:10
有fortran基础就看charmm吧，高大上，秒杀其它

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-23 03:12
可以看看tinker源码，也是主流动力学程序，Fortran写的，我没读过其代码，但据说写得比较规矩，适合学习

作者
Author: qwoop 时间: 2015-6-23 10:29
lammps，C++写的，感觉还不错

作者
Author: fhh2626 时间: 2015-6-29 14:21
看源码恐怕不是一个高效率的学习方式啊。。。如果你一定要看的话，可以考虑mindy （http://www.ks.uiuc.edu/Development/MDTools/mindy/）

这个是namd的简化版，没有并行处理的代码，比较straightforward，更容易学习

还是看书好，比如Understanding Molecular Simulation, Second Edition: From Algorithms to Applications，里面就有算法的详细介绍，并给出了fortran代码

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