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标题: 分子动力学模拟时间问题请教 [打印本页]

作者
Author: 星空DMU 时间: 2019-5-6 15:31
标题: 分子动力学模拟时间问题请教
各位大神，我跑MD模拟，时间为30 ps，从图来看，体系应该已经平衡了吧，那还有必要进行更长时间的模拟吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-7 07:44
算不算平衡了、怎么判断平衡，必须看具体体系
你上面列出的这些量都是最容易收敛的量，这些量收敛了，未必你关心的研究的对象真正达到了平衡。
如果只是诸如均相小分子溶液，可以通过这些标准认为已经平衡了

作者
Author: hdmd 时间: 2019-5-7 10:18
能量平衡是最不靠谱的，实际上能量并不能作为体系平衡的判据
实际上，判断体系是否稳定应当采用扩散系数，如果体系中，所有组分的扩散系数不再发生变化就说明体系平衡
可以想象，一个热力学过程并不一定全部由能量驱动，其中可能包含熵效应（而熵效应的存在可能使能量驱动过程并不是一段），越复杂的体系、过程能量判据越不准确，除非极其均匀的体系（如简单的范德华珠子模型），能量都不能完全作为体系平衡判据

作者
Author: 星空DMU 时间: 2019-5-10 08:21

hdmd 发表于 2019-5-7 10:18
能量平衡是最不靠谱的，实际上能量并不能作为体系平衡的判据
实际上，判断体系是否稳定应当采用扩散系数， ...

谢谢你的回答，我刚入门MS，还有好多需要学习的地方，请问扩散系数怎么计算。

作者
Author: 星空DMU 时间: 2019-5-16 08:08

sobereva 发表于 2019-5-7 07:44
算不算平衡了、怎么判断平衡，必须看具体体系
你上面列出的这些量都是最容易收敛的量，这些量收敛了，未必 ...

谢谢sob老师

作者
Author: xiaos 时间: 2019-9-24 10:45

sobereva 发表于 2019-5-7 07:44
算不算平衡了、怎么判断平衡，必须看具体体系
你上面列出的这些量都是最容易收敛的量，这些量收敛了，未必 ...

sob老师，对于主客体复合物体系，伞形采样的单个窗口的模拟应该如何判断是否达到平衡？

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-9-28 23:19

sobereva 发表于 2019-5-7 07:44
算不算平衡了、怎么判断平衡，必须看具体体系
你上面列出的这些量都是最容易收敛的量，这些量收敛了，未必 ...

老师，我用GMX模拟离子液体液液萃取体系，该怎样判断体系是否达到平衡了呢?

作者
Author: 锁塘柳烟池 时间: 2019-9-28 23:47
纵轴上放大看，能量还在下降

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-29 02:43

晓滨MD 发表于 2019-9-28 23:19
老师，我用GMX模拟离子液体液液萃取体系，该怎样判断体系是否达到平衡了呢?

根据具体体系特征定义标准。比如可以统计盒子不同区域里被萃取物的粒子数随时间的变化，如果随时间变化都已经平了，就算平衡了

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-9-29 08:03
均方位移求扩散系数

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-9-29 08:27

sobereva 发表于 2019-9-29 02:43
根据具体体系特征定义标准。比如可以统计盒子不同区域里被萃取物的粒子数随时间的变化，如果随时间变化都 ...

谢谢老师，再跟老师请教一下，怎样去统计不同区域内粒子数的变化呢? 之前我都是VMD载入轨迹文件，然后选择某个范围，粒子数是一个一个数出来的

，请老师指点个简单的方法

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-1 07:54

晓滨MD 发表于 2019-9-29 08:27
谢谢老师，再跟老师请教一下，怎样去统计不同区域内粒子数的变化呢? 之前我都是VMD载入轨迹文件，然后选 ...

诸如[atomselect top "x>5"] num就能显示x>5区域的粒子数

" "里是选择语句，语法看
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-10-1 18:49

sobereva 发表于 2019-10-1 07:54
诸如[atomselect top "x>5"] num就能显示x>5区域的粒子数

" "里是选择语句，语法看

好的，谢谢老师

作者
Author: 华理小妮 时间: 2020-7-17 13:40
您好，想问您一下这两个图是怎么绘制的呢，用什么软件呢

作者
Author: bububu 时间: 2020-7-20 08:17

hdmd 发表于 2019-5-7 10:18
能量平衡是最不靠谱的，实际上能量并不能作为体系平衡的判据
实际上，判断体系是否稳定应当采用扩散系数， ...

那么请问，有些时候模拟到后期，扩散系数突然上升是怎么回事

作者
Author: 木折 时间: 2022-4-19 12:56
你好老师，我想问下这个图怎么画，最近刚入门苦于没有指导，这个图真的很困惑

作者
Author: 吕十五 时间: 2025-6-8 22:00

bububu 发表于 2020-7-20 08:17
那么请问，有些时候模拟到后期，扩散系数突然上升是怎么回事

你好，请问您的问题解决了吗

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