计算化学公社

标题: 求助，建模时如何处理烷基磺酸钠片段？ [打印本页]

作者
Author: xiaos 时间: 2019-5-6 18:53
标题: 求助，建模时如何处理烷基磺酸钠片段？
各位老师，请问在构建初始结构时如何处理烷基磺酸钠片段中的钠离子和磺酸根离子（磺酸根离子和钠离子的电荷，钠离子的位置）？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-7 07:51
你当前摆得没问题，优化完了自发就会调整结构到合适位置。

对于更复杂的情况，可以按照下文方法显示出阴离子的表面静电势，把阳离子都放在各个静电势最负的位置。通常只要让阳离子和与之最近的阴离子原子的距离大约等于它们的范德华半径和即可

使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）。

作者
Author: xiaos 时间: 2019-5-7 09:10

sobereva 发表于 2019-5-7 07:51
你当前摆得没问题，优化完了自发就会调整结构到合适位置。

对于更复杂的情况，可以按照下文方法显示出阴 ...

谢谢sob老师的解答。还有一个问题就是，建模时直接使用Na原子放在磺酸根周围即可么？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-7 09:47

xiaos 发表于 2019-5-7 09:10
谢谢sob老师的解答。还有一个问题就是，建模时直接使用Na原子放在磺酸根周围即可么？

是

作者
Author: xiaos 时间: 2019-5-7 09:49

sobereva 发表于 2019-5-7 09:47
是

好的好的， sob老师的解答

作者
Author: xiaos 时间: 2019-5-15 08:31

sobereva 发表于 2019-5-7 09:47
是

sob老师您好，请问在构建输入文件时，对于该体系计算opt使用命令#p opt b3lyp/6-311+g(d,p) empiricaldispersion=gd3bj，体系电荷为-4，自旋多重度为1是否合理？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-15 14:20

xiaos 发表于 2019-5-15 08:31
sob老师您好，请问在构建输入文件时，对于该体系计算opt使用命令#p opt b3lyp/6-311+g(d,p) empiricaldis ...

合理

作者
Author: xiaos 时间: 2019-5-15 14:23

sobereva 发表于 2019-5-15 14:20
合理

谢谢sob老师的指点

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