计算化学公社

标题: 三乙胺盐酸盐晶体用什么力场比较好？ [打印本页]

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-5-7 10:15
标题: 三乙胺盐酸盐晶体用什么力场比较好？
用gromacs跑三乙胺盐酸盐晶体（cif文件见附件）在丙酮溶剂中的状态，现在用的opls力场，在真空中就跑散了，请问各位大神有什么比较适合的力场或者方法可以完成该模拟吗？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-7 11:35
OPLS-AA已有的参数完全能正常描述三乙胺盐酸盐晶单个分子，如果你是模拟晶体跑散，那是其它原因所致

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-5-7 12:15

sobereva 发表于 2019-5-7 11:35
OPLS-AA已有的参数完全能正常描述三乙胺盐酸盐晶单个分子，如果你是模拟晶体跑散，那是其它原因所致

具体过程为：1.将cif导入material studio MakP1——supercell4*4*4另存为pdb，删除里面的connect部分，用CM5电荷替代itp中除Cl离子部分，制作盒子
(, 下载次数 Times of downloads: 15)
2.用gromacs在真空中跑em、nvt、npt、md结果如下
(, 下载次数 Times of downloads: 23)
请问sob老师，是哪里有问题呐，望指教，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-8 09:49
涉及到很多细节问题。比如你得保证结构文件的原子顺序必须和拓扑文件里相符。然而M$这么搞出来的结构文件里，首先原子顺序可能都不是每个分子都一样

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-5-8 10:03

sobereva 发表于 2019-5-8 09:49
涉及到很多细节问题。比如你得保证结构文件的原子顺序必须和拓扑文件里相符。然而M$这么搞出来的结构文件里 ...

ms导出后原子顺序调整好了，不然md会报错

作者
Author: tomwong4253 时间: 2019-5-8 14:03
你的盒子太大了，改小一点。如果晶体里没有别的东西，把所有东西都先固定住，跑个npt使劲把盒子挤紧。然后再nvt去模拟晶体试试

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-5-9 09:05

tomwong4253 发表于 2019-5-8 14:03
你的盒子太大了，改小一点。如果晶体里没有别的东西，把所有东西都先固定住，跑个npt使劲把盒子挤紧。然后 ...

现在是先模拟晶体看看，成功了需要添加溶剂。
建过和晶体一样大的盒子跑过，还是em、nvt、npt、md，也是跑散了的

(, 下载次数 Times of downloads: 12)
初始盒子
(, 下载次数 Times of downloads: 11)
跑完md后

作者
Author: tomwong4253 时间: 2019-5-9 09:44
个人认为，凝聚态下离子键需要特殊的方法描述，你这各个分子之间几乎还是靠静电相互作用在彼此维持，况且分子间的距离又足够分子发生活动。这是跑散的原因。

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-5-9 10:17

tomwong4253 发表于 2019-5-9 09:44
个人认为，凝聚态下离子键需要特殊的方法描述，你这各个分子之间几乎还是靠静电相互作用在彼此维持，况且分 ...

请问有什么方法处理吗？

作者
Author: tomwong4253 时间: 2019-5-9 20:56

万年流星发表于 2019-5-9 10:17
请问有什么方法处理吗？

查查文献如何模拟固态，猜想应该将离子键作为一种特殊的化学键，每个分子之间彼此用看得见摸得着的化学键连接起来，化学键的参数按照离子键的强度。这样整体的结构才能具有晶体该有的“刚”性。
像你这样只是简单摞在一起，还远不能称作“离子键”，一给温度和压力当然就会塌陷。

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-5-9 21:29

tomwong4253 发表于 2019-5-9 20:56
查查文献如何模拟固态，猜想应该将离子键作为一种特殊的化学键，每个分子之间彼此用看得见摸得着的化学键 ...

好的，我查查，非常感谢

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)