计算化学公社

标题: 求助一个ELF图 不晓得是怎么画的 [打印本页]

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作者
Author: 鳌拜    时间: 2015-6-22 21:49
标题: 求助一个ELF图 不晓得是怎么画的
有关ELF的3D图，之前有在论坛里提过，研究一段时间，还是不会做。于是问了原作者，他回答的是用.cub文件在VMD中做出来的，但是我仔细观察这个图又感觉像是multiwfn做的。所以想问一下，如果能用multiwfn做的话，该如何做？如果不能，VMD该如何做？希望老师们能给出解答，谢谢。

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作者
Author: sobereva    时间: 2015-6-23 03:01
左边是VMD做的，右边99%的可能性是用Multiwfn直接做的。
Multiwfn作ELF图可参考《电子定域性的图形分析》http://sobereva.com/63 末尾部分

VMD里显示等值面后，可以再设一个显示方式，用来显示格点数据的截面。

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作者
Author: 鳌拜    时间: 2015-6-23 07:51

sobereva 发表于 2015-6-23 03:01
左边是VMD做的，右边99%的可能性是用Multiwfn直接做的。
Multiwfn作ELF图可参考《电子定域性的图形分析》h ...

谢谢老师 左边的图是一直苦恼的 一直不回  右边的比较简单 例子都有 我也是知道的 能不能相似一点叙述vmd的画法 非常感谢

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作者
Author: sobereva    时间: 2015-6-23 09:05
照着这个来设定即可

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作者
Author: 鳌拜    时间: 2015-6-23 16:31

sobereva 发表于 2015-6-23 09:05
照着这个来设定即可

谢谢 老师  具体知道怎么做了  但是由于对VMD不是很熟悉 选择licorice后 原子之间没有键，不清楚是为什么。

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作者
Author: sobereva    时间: 2015-6-23 16:36

鳌拜 发表于 2015-6-23 16:31
谢谢 老师  具体知道怎么做了  但是由于对VMD不是很熟悉 选择licorice后 原子之间没有键，不清楚是 ...

应当有键。没有键要么操作弄错了，要么就是原子之间距离较远没被判断为成键

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作者
Author: 鳌拜    时间: 2015-6-23 18:01

sobereva 发表于 2015-6-23 16:36
应当有键。没有键要么操作弄错了，要么就是原子之间距离较远没被判断为成键

我这个是优化过的文件 后来算了.wfn后在multiwfn中算出的cub。 难道是用直接GV里面算的？

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作者
Author: sobereva    时间: 2015-6-24 04:19
和gv没有丝毫关系。直接用Multiwfn产生的ELF.cub放到VMD里作图就完事了

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作者
Author: 鳌拜    时间: 2015-6-25 10:28

sobereva 发表于 2015-6-24 04:19
和gv没有丝毫关系。直接用Multiwfn产生的ELF.cub放到VMD里作图就完事了

又试了几次 实在不知道 问题出在哪里了 回头我再请教一下别人吧  谢谢了

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