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标题: 求助：rerun轨迹后分析相互作用，该怎样设定参数 [打印本页]

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-5-8 07:45
标题: 求助：rerun轨迹后分析相互作用，该怎样设定参数
本帖最后由 yihanxu 于 2019-5-7 17:46 编辑

老师好，用GROMACS计算一个周期性体系时用的设定是：
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.0
DispCorr    = EnerPres

之后rerun轨迹，分析相互作用。请问rerun的时候用下面的设定是否可以？如果这种设定不够合理，或者过不了审稿人那关，那么应该怎样设定参数？
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = cut-off
rcoulomb    = 3.0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.0
DispCorr    = EnerPres

谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-8 09:20
能跑的话就没问题（gmx不同版本在非键设定规则上差异较大），但rvdw建议再设大点，毕竟1nm的时候还没有充分衰减为0

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-5-8 09:44
本帖最后由 yihanxu 于 2019-5-7 19:49 编辑

sobereva 发表于 2019-5-7 19:20
能跑的话就没问题（gmx不同版本在非键设定规则上差异较大），但rvdw建议再设大点，毕竟1nm的时候还没有充分 ...

谢谢老师。我用的gmx2018.4版本。
1. rvdw是rerun的时候设大点、最初md的时候不变吗？还是md初次跑轨迹的时候和rerun轨迹的时候都设大点？
2. 设为1.4nm足够吗？如果设为1.4nm，还用开启DispCorr吗？
3. 我用的GAFF力场，没记错的话sob老师讲过原文用的1.0nm。和原文一样不是比较好吗？
谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-9 08:58

yihanxu 发表于 2019-5-8 09:44
谢谢老师。我用的gmx2018.4版本。
1. rvdw是rerun的时候设大点、最初md的时候不变吗？还是md初次跑轨迹 ...

1 仅rerun设大
2 够。那个开不开和能量分解没有直接关系，无所谓
3 虽然与原文一样也有一定道理。然而原文截断到1nm主要是为了计算效率考虑，而且用相同的截断虽然可以令MD过程与力场搭配在原理上最合适，但不代表做能量分解时候1nm也是最佳选择

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-5-9 09:57

sobereva 发表于 2019-5-8 18:58
1 仅rerun设大
2 够。那个开不开和能量分解没有直接关系，无所谓
3 虽然与原文一样也有一定道理。然而 ...

老师好，谢谢您的指导，您看我总结的对吗？

MD过程用：
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.0
DispCorr    = EnerPres

之后rerun轨迹用于分析相互作用时用：
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = cut-off
rcoulomb    = 3.0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.4
DispCorr    = EnerPres 或 no 都可以

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-5-10 06:11
本帖最后由 yihanxu 于 2019-5-9 16:15 编辑

老师好@sobereva ，我试了一下5层的设定，但是得到

ERROR 1 [file rerun.mdp]:
With Verlet lists rcoulomb!=rvdw is not supported (except for rcoulomb>rvdw with PME electrostatics)

怎么办好？是不是只要改rvdw=3.0就行了？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-10 10:23

yihanxu 发表于 2019-5-10 06:11
老师好@sobereva ，我试了一下5层的设定，但是得到

ERROR 1 [file rerun.mdp]:

是
或者groups代替verlet再试

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-5-10 12:32

sobereva 发表于 2019-5-9 20:23
是
或者groups代替verlet再试

用group代替verlet会得到Fatal error:
rcoulomb must not be greater than rlist (twin-range schemes are not supported)

详细设定为：
pbc = xyz
cutoff-scheme = group
coulombtype = cut-off
rcoulomb    = 3.0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.4
DispCorr    = EnerPres
用的gmx2018.4v

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-10 16:32

yihanxu 发表于 2019-5-10 12:32
用group代替verlet会得到Fatal error:
rcoulomb must not be greater than rlist (twin-range schemes a ...

设一样就完了

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-7-16 13:32
老师好，请问分析相互作用的时候，rcoulomb 取什么范围的值合适呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-16 17:39

yihanxu 发表于 2019-7-16 13:32
老师好，请问分析相互作用的时候，rcoulomb 取什么范围的值合适呢？

原则上只要不超过盒子最短边长一般就可以。原理上设大了有益，计算得更精确

作者
Author: JCenter 时间: 2023-8-15 20:42

sobereva 发表于 2019-7-16 17:39
原则上只要不超过盒子最短边长一般就可以。原理上设大了有益，计算得更精确

老师，我有几个关于gmx energy计算分子间相互作用能的疑问：1.如果我的体系中，A分子有5个，B分子有5个。在创建索引组时，是将5个A和5个B的所有原子分别设置为[A]和[B]组，最终计算[A]和[B]间的短程范德华作用和短程静电相互作用；还是将A和B的10个分子，每个分子作为一个组，即[A_1],[A_2]...[A_5],[B_1],[B_2].....[B_5]共10个，然后将A中的每个分子对B中的每个分子的作用相加，即；A1_B1+A1_B2+A1_B3+A1_B4+....+A5_B5;这两种组的方式在计算分子间相互作用能时，是不是效果都一样的。无非前者没法计算分子内的2.这种方式计算出来的非键相互作用能、范德华作用、静电作用是不是相当于“气相”下分子间的相互作用啊，这个计算的时候应该没有考虑溶剂的影响吧。3.如果是没有考虑溶剂的影响，有没有方法计算溶剂作用下的分子间相互作用能呢.4。分子间的相互作用能应该等于组之间LJ(SR)+Coul(SR),不知道是否要加上分子内的1,4相互作用呢即分子内的+LJ_14+Coul_14，我自己觉得不需要，毕竟是分子内的非键作用，而不是分子间的，但不知道这么认为对不对。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-16 09:53

JCenter 发表于 2023-8-15 20:42
老师，我有几个关于gmx energy计算分子间相互作用能的疑问：1.如果我的体系中，A分子有5个，B分子有5个。 ...

1 对

2 不直接体现。溶剂仅影响轨迹

3 在显式溶剂模型下没办法

4 不加

作者
Author: JCenter 时间: 2023-8-16 10:17

sobereva 发表于 2023-8-16 09:53
1 对

2 不直接体现。溶剂仅影响轨迹

好嘞，谢谢老师

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