计算化学公社

标题: 求助关于optDFTw的计算错误 [打印本页]

作者
Author: qianbao 时间: 2019-5-9 10:29
标题: 求助关于optDFTw的计算错误
用Linux服务器运行optDFTw程序计算出现问题，请老师帮忙看一下是我的操作哪里可能出现了问题？
谢谢！

作者
Author: 小范范1989 时间: 2019-5-9 11:14
之前用过optDFTw。有点遗忘了。
你是不是没改文件名称的原因？在template.gjf准备好后直接启动optDFTw就可以进行对w的优化。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-9 12:13
仔细看一下optDFTw调用Gaussian产生的out文件就知道了。一般都是SCF没收敛所致

作者
Author: qianbao 时间: 2019-5-10 08:38

小范范1989 发表于 2019-5-9 11:14
之前用过optDFTw。有点遗忘了。
你是不是没改文件名称的原因？在template.gjf准备好后直接启动optDFTw就可 ...

因为是按到服务器里计算的，没有用小程序，所以是可以改名字的
算小的分子都可以成功，但是原子数一多，就不可以了。

作者
Author: qianbao 时间: 2019-5-10 08:39

sobereva 发表于 2019-5-9 12:13
仔细看一下optDFTw调用Gaussian产生的out文件就知道了。一般都是SCF没收敛所致

好的，谢谢老师！

http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

根据这个贴子交的找真正的错误原因，我没能操作成功。
现在去调一下再试试

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2019-5-10 09:33
你上面所附的log文件里面已经写得很清楚了，“ Error in finding Alpha virt. eigenvalues”，这说明optDFTw程序在你的Gaussian的输出文件中无法定位到“Alpha virt. eigenvalue”这个关键词，很明显，这个错误只能是Gaussian的计算没有正常结束，所以你需要打开Gaussian计算产生的输出文件（三个），看看究竟是哪里出错，然后再找对应的解决办法，看是SCF没收敛，还是其他什么原因。

作者
Author: qianbao 时间: 2019-5-10 09:50

让你变成回忆发表于 2019-5-10 09:33
你上面所附的log文件里面已经写得很清楚了，“ Error in finding Alpha virt. eigenvalues”，这说明optDFT ...

谢谢老师的回复！
我从Linux程序下找到了这两个文件（因为不是用Windows下运行optDFTw程序下得到的，所以没有严格的找出N.out、N+1.out、N-1.out），用文本编辑器打开，看到的信息有一句是rm: cannot remove ‘lmy_C60_1_DFTw.sge’: No such file or directory但是我没有删除什么文件的

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2019-5-10 10:35

qianbao 发表于 2019-5-10 09:50
谢谢老师的回复！
我从Linux程序下找到了这两个文件（因为不是用Windows下运行optDFTw程序下得到的，所 ...

这是你们的作业管理系统，我用的不是这个系统，所以不清楚。只要你的提交作用的任务的脚本写得合理，不可能找不到Gaussian的输出文件。去你的脚本里所创建的目录下找肯定能找到。

作者
Author: qianbao 时间: 2019-5-11 20:58

让你变成回忆发表于 2019-5-10 10:35
这是你们的作业管理系统，我用的不是这个系统，所以不清楚。只要你的提交作用的任务的脚本写得合理，不可 ...

谢谢老师，
我用SCF=conver=6的关键词，优化出w的数值了
只是我还没在out文件中找到怎么看是SCF未收敛所致的

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2019-5-11 22:50
本帖最后由让你变成回忆于 2019-5-11 23:00 编辑

qianbao 发表于 2019-5-11 20:58
谢谢老师，
我用SCF=conver=6的关键词，优化出w的数值了
只是我还没在out文件中找到怎么看是SCF未收敛 ...

感觉你连优化w的目的是什么都不是很清楚。建议仔细看看《最优化“调控”区间分离密度泛函理论的研究进展》（DOI: 10.3866/PKU.WHXB201605301）这篇文章，中文的，看起来肯定没问题。多看几遍就会有不同的收获。另外，sob老师的博文（http://sobereva.com/346）最开始的简介部分也有必要仔细阅读。
如果是SCF为收敛，在out文件（N.out或者N-1.out或者N+1.out）的末尾会显示未收敛，从而终止计算。
w的数值通过IOp(3/107,3/108)设置，如果要在out文件中找，去对应的泛函的定义部分肯定是可以找到的。

作者
Author: qianbao 时间: 2019-5-12 19:01

让你变成回忆发表于 2019-5-11 22:50
感觉你连优化w的目的是什么都不是很清楚。建议仔细看看《最优化“调控”区间分离密度泛函理论的研究进展 ...

感谢您的帮助，
我询问了实验室内的师姐，确认了我们的系统下确实没有输出这三个文件，如果想查看问题，需要自己手动将N.gjf、N-1.gjf、N+1.gjf
对此，我正在计算这三个文件，等待结果中
也许我的回复还存在不合理的说法，请您见谅，感谢您的推荐

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)