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标题: 使用福井函数预测活性位点时，wfn文件产生后，得到结果和说明书中不一样 [打印本页]

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Author: 郭严1993 时间: 2015-6-23 23:44
标题: 使用福井函数预测活性位点时，wfn文件产生后，得到结果和说明书中不一样
求助！
老师你好！我想用福井函数预测分子的活性位点，就看说明书3.3.71Multiwfn中238页4.5.4 中First of all 那一段说生成phenol+1.wfn文件可以不用优化，直接把电荷和多重度改为1和2，然后再计算，为什么得到的结果和说明书的不一样呢？都是优化的苯酚，6-31*条件下我把图传上来，哪位大师给指点下~感激不敬~

作者
Author: 郭严1993 时间: 2015-6-23 23:46
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作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-24 06:35
不要发截图，直接把.gjf文件和.wfn文件传上来

作者
Author: 郭严1993 时间: 2015-6-24 08:49
标题: RE: 使用福井函数预测活性位点时，wfn文件产生后，得到结果和说明书中不一样

sobereva 发表于 2015-6-24 06:35
不要发截图，直接把.gjf文件和.wfn文件传上来

(, 下载次数 Times of downloads: 19)

作者
Author: 郭严1993 时间: 2015-6-24 08:58
对应的是phenol.wfn 和phenol+1.wfn，说明书中说不要优化，我的疑问是不知道phenol+1.wfn这个文件是怎么来的，是不是在Gaussian09W中更改 ,把Route Section中opt freq删去，在后面加上 output=wfn，在charge multipl里将0 1改为1 2，然后再提交计算？谢谢老师~

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-24 09:35
输入文件不对，最后得到的两个wfn文件里的坐标明显是不对应的，密度差此时无意义。

应该这样：
1 优化中性体系
2 用gv打开1的输出文件，保存成两个单点输入文件。其中一个设0 1，另一个设1 2
3 把两个单点输入文件分别计算，得到相应的两个.wfn文件。

作者
Author: 郭严1993 时间: 2015-6-24 12:44
老师，这次算完之后，两个文件的坐标都一样了，图也做出来了，但是在wfn文件中跟example中的例子phenol.wfn中 PRIMITIVES 的值还是有点差别，麻烦您再给看看~谢谢老师啦~

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-24 12:50
用的基组不一样结果肯定不一样。
6-31G这种基组太差，最低可接受级别是6-31G*

作者
Author: 郭严1993 时间: 2015-6-24 13:43
老师，我明白了~谢谢~

作者
Author: castiel 时间: 2015-8-19 22:24

sobereva 发表于 2015-6-24 09:35
输入文件不对，最后得到的两个wfn文件里的坐标明显是不对应的，密度差此时无意义。

应该这样：

Sob老师，那phenol-1.wfn的charge和multipl设的是多少呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-8-19 22:59

castiel 发表于 2015-8-19 22:24
Sob老师，那phenol-1.wfn的charge和multipl设的是多少呢？

-1,1

作者
Author: castiel 时间: 2015-8-21 22:14

sobereva 发表于 2015-8-19 22:59
-1,1

谢谢sob老师。但是我设置为-1 1的时候却立刻出错了，而01和12的时候都没有问题，基于优化好的同一个结构计算的。

报错为the combination of multiplicity 1 and 59 electrons is impossible.

是不是我的初始结构还要加一个H以后重新优化后才能计算-1 1呢？

还请sob老师帮忙解答下，谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-8-22 12:42

castiel 发表于 2015-8-21 22:14
谢谢sob老师。但是我设置为-1 1的时候却立刻出错了，而01和12的时候都没有问题，基于优化好的同一个结构 ...

说错了，应该是-1,2
因为原本是0,1，多了一个电子自旋多重度必定变为2。

作者
Author: liuyjhx 时间: 2019-3-16 11:26

郭严1993 发表于 2015-6-24 12:44
老师，这次算完之后，两个文件的坐标都一样了，图也做出来了，但是在wfn文件中跟example中的例子phenol.wfn ...

请问你的.wfn是怎么产生的？

作者
Author: liuyjhx 时间: 2019-3-16 11:30

sobereva 发表于 2015-6-24 09:35
输入文件不对，最后得到的两个wfn文件里的坐标明显是不对应的，密度差此时无意义。

应该这样：

老师请问我把单点能计算好了，怎么转化为.wfn文件

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-16 16:38

liuyjhx 发表于 2019-3-16 11:30
老师请问我把单点能计算好了，怎么转化为.wfn文件

详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）

Multiwfn手册第四章一开头也写明了

作者
Author: XZDZ 时间: 2019-5-20 15:50

sobereva 发表于 2015-8-22 12:42
说错了，应该是-1,2
因为原本是0,1，多了一个电子自旋多重度必定变为2。

老师，我有一个相关的问题想要请教一下。 (, 下载次数 Times of downloads: 2)

附件的这个表格中的是我计算的一个体系的condensed Fukui functions。但是f-上体现出来的发生亲电子反应的规律与Δf的不一致（C4和H9）这种是什么原因呢？麻烦老师讲解一下，谢谢了

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-21 01:45

XZDZ 发表于 2019-5-20 15:50
老师，我有一个相关的问题想要请教一下。

附件的这个表格中的是我计算的一个体系的condensed Fukui fu ...

数据太多看不明白
不用管氢的情况，反正也不会发生反应
如果是在可能发生反应的原子间福井函数和双描述符的结论不同，写文章时候哪个和实际一致就拿哪个说事

作者
Author: XZDZ 时间: 2019-5-21 10:31

sobereva 发表于 2019-5-21 01:45
数据太多看不明白
不用管氢的情况，反正也不会发生反应
如果是在可能发生反应的原子间福井函数和双描述 ...

好的。谢谢老师。老师，福井函数的物理意义怎么理解呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-22 03:14

XZDZ 发表于 2019-5-21 10:31
好的。谢谢老师。老师，福井函数的物理意义怎么理解呢？

看看这些就懂了
概念密度泛函综述和重要文献合集 http://bbs.keinsci.com/thread-384-1-1.html

作者
Author: 郭严1993 时间: 2019-6-12 21:33

liuyjhx 发表于 2019-3-16 11:30
老师请问我把单点能计算好了，怎么转化为.wfn文件

我也是学生啦，附件这是原来做记录，希望能帮到你，一起加油~

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