计算化学公社

标题: 求助-弱相互作用分析的RDG散点图-gnuplot程序使用出现问题 [打印本页]

作者
Author: 陈小北 时间: 2019-5-10 10:40
标题: 求助-弱相互作用分析的RDG散点图-gnuplot程序使用出现问题
本帖最后由陈小北于 2019-5-10 10:48 编辑

sob 老师好，
我在用您在《绘制有填色效果的用于弱相互作用分析的RDG散点图的方法》（http://sobereva.com/399）这篇帖子中介绍的方法做图时，我下载了gnuplot和RDGmap.gnu，也修改了output.txt文件，把这两个文件拷到了bin文件夹下，然后把RDGmap.gnu拖到gnuplot图标上时，没有产生RDGmap.ps，系统提示:
set output 'RDGmap.ps'
"C:\Program Files\gnuplot\bin\RDGmap.gnu" line 3:cannot open file: output not c
hanged
system error: Permission denied
我的是Windows系统，我想问一下这个怎么解决，谢谢
这个是gnuplo提示的窗口，它一闪而过来不及截屏，图片是我用手机录了像之后截的图，所以不太清晰，很抱歉

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-10 10:48
严格按照文中的演示视频操作，不要有任何自行发挥
还不行的话把gnuplot弄到C盘以外的且没有空格的目录，比如D:\study下，然后再试

作者
Author: 陈小北 时间: 2019-5-10 16:18

sobereva 发表于 2019-5-10 10:48
严格按照文中的演示视频操作，不要有任何自行发挥
还不行的话把gnuplot弄到C盘以外的且没有空格的目录，比 ...

我把它放到E盘了，现在已经成功了，谢谢老师

作者
Author: 陈小北 时间: 2019-5-11 11:43
本帖最后由陈小北于 2019-5-11 11:57 编辑

sobereva 发表于 2019-5-10 10:48
严格按照文中的演示视频操作，不要有任何自行发挥
还不行的话把gnuplot弄到C盘以外的且没有空格的目录，比 ...

老师好
我用您指导的方法已经做成功了，但是我还有一个疑问想要请教您，因为我想分析的是某一个体系对不同的底物的氧化能力，反应彼此之间能垒不同，所以要分析产生能垒差异的原因
假如说我的体系是A，底物是B，B作用于A的某一个特定的位置，利用VMD查看生成的cube文件时能够看出来这个位置——也就是特定的原子之间——的弱相互作用，但是放到散点图上通过颜色去对比的时候不太能确定具体准确的数值，怎么样才能通过散点图比较出来不同的B和A反应时某个特定的区域弱相互作用的准确数值？

(, 下载次数 Times of downloads: 35)

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-11 11:53

陈小北发表于 2019-5-11 11:43
老师好
我用您指导的方法已经做成功了，但是我还有一个疑问想要请教您，因为我想分析的是某一个体系对不 ...

用Multiwfn做AIM分析，考察对应的BCP的电子密度

用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291（http://bbs.keinsci.com/thread-1206-1-1.html）
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图（含视频演示）
http://sobereva.com/445（http://bbs.keinsci.com/thread-11079-1-1.html）

作者
Author: 陈小北 时间: 2019-5-11 11:58

sobereva 发表于 2019-5-11 11:53
用Multiwfn做AIM分析，考察对应的BCP的电子密度

用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题

好，谢谢老师，我去试一试，弄好了来跟您汇报

作者
Author: 陈小北 时间: 2019-5-20 09:27

sobereva 发表于 2019-5-11 11:53
用Multiwfn做AIM分析，考察对应的BCP的电子密度

用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题

老师好
我现在改用IGM考察弱相互作用了，因为它可以“指哪打哪”，感觉可以更好地符合我的需要
现在想问一下您，不同体系的IGM的这张散点图也可以用Origini叠在一块吗，就是参考RDG的散点图怎么叠加的就可以是吗
(, 下载次数 Times of downloads: 39)

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-21 01:52

陈小北发表于 2019-5-20 09:27
老师好
我现在改用IGM考察弱相互作用了，因为它可以“指哪打哪”，感觉可以更好地符合我的需要
现在想 ...

可以。是

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