计算化学公社

标题: 求助：NVT系综的参数设置 [打印本页]

作者
Author: 晴天 时间: 2019-5-12 19:55
标题: 求助：NVT系综的参数设置
各位老师好! 本人初学小白，想请教一下老师们GROMACS的NVT系综脚本参数该如何设置，下边是我的NPT脚本，在这上边需要更改哪些地方呢？
;  md in vacuo
;
;       Input file
;
cpp                =  /usr/bin/cpp
constraints       =  none
integrator       =  md
tinit             =  0
dt                =  0.001
nsteps             =  2000000
init_step          =  0
nstcomm          =  1000
nstxout          =  1000
nstvout          =  1000
nstfout          =  1000
nstcheckpoint    =  1000
ns_type          =  grid
pbc                =  xyz
rlist             =  1.5
nstlist          =  16
morse             =  no
coulombtype       =  PME
rcoulomb          =  1.5
; Spacing for the PME/PPPM FFT grid
fourierspacing    = 0.12
; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be use
fourier_nx       = 0
fourier_ny       = 0
fourier_nz       = 0
pme_order          = 4
vdw_type          =  Cut-off
rvdw             =  1.5
rvdw_switch       =  1.5
DispCorr          =  EnerPres
Tcoupl             =  v-rescale
tc-grps          = System
tau_t             = 1
ref_t             = 298
Pcoupl             = Berendsen
Pcoupltype       = isotropic
tau_p             = 1
compressibility    = 4.5e-5
ref_p             = 1
gen_vel          = yes
gen_temp          = 298
gen_seed          = 173529

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-12 23:55
(, 下载次数 Times of downloads: 935)

用这个NPT的模板，把pcoupl设为no，代表不控压，就成了NVT了

作者
Author: 晴天 时间: 2019-5-23 18:35
谢谢老师

作者
Author: 晴天 时间: 2019-5-23 18:40

sobereva 发表于 2019-5-12 23:55
用这个NPT的模板，把pcoupl设为no，代表不控压，就成了NVT了

老师，我的脚本把pcoupl设为no是不是也成了NVT了

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-5-23 20:20
你这是什么体系啊？啥体系都不知道很难说你这个

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-5-23 20:20
constraints 都不知道怎么写虽然一般来说是h

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-24 04:15

晴天发表于 2019-5-23 18:40
老师，我的脚本把pcoupl设为no是不是也成了NVT了

是

作者
Author: 晴天 时间: 2019-5-24 07:59
谢谢老师

作者
Author: 晴天 时间: 2019-5-24 08:01

少年爱吃地三鲜发表于 2019-5-23 20:20
你这是什么体系啊？啥体系都不知道很难说你这个

计算CO2在离子液体中溶解度自由能的液相模拟

作者
Author: 晴天 时间: 2019-5-24 08:02

少年爱吃地三鲜发表于 2019-5-23 20:20
constraints 都不知道怎么写虽然一般来说是h

老师，我给的脚本里这个写法对不

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-5-24 08:20
一般来说都是constraints = hbonds。你还是按照sob的来吧

作者
Author: naoki 时间: 2019-5-24 15:56

sobereva 发表于 2019-5-24 04:15
是

请教一下Sob老师，关于楼主做的这个“计算CO2在离子液体中溶解自由能的液相模拟”如果用Gaussian隐式溶剂模型做，可以说明问题吗，谢啦！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-25 03:06

naoki 发表于 2019-5-24 15:56
请教一下Sob老师，关于楼主做的这个“计算CO2在离子液体中溶解自由能的液相模拟”如果用Gaussian隐式溶剂 ...

可以

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