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标题: 求助，用LigParGen生成氯离子拓扑文件总是出错 [打印本页]

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-5-13 12:38
标题: 求助，用LigParGen生成氯离子拓扑文件总是出错
老师您好，我先用gview画一个氯原子，保存为.mol格式后，上传到LigParGen，结果总是提示出错，请问是什么原因啊

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-13 13:00
就一个氯离子何必用LigParGen，拓扑信息在gmx里都内置了，直接include力场目录下的ions.itp就可以用

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-5-13 13:51
请问老师在结构文件里要怎么加氯离子呢，不好意思，我不是太明白
我想模拟的体系里有一种物质是[C2H8ON]+[Cl]-，阳离子部分我用acpype得到，阴离子部分我不知道怎么加进去，希望老师指导一下，谢谢老师！

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-5-13 14:02
就是乙醇胺盐酸盐，应该是要分阴离子和阳离子的吧

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-14 03:07

模拟小菜鸟发表于 2019-5-13 13:51
请问老师在结构文件里要怎么加氯离子呢，不好意思，我不是太明白
我想模拟的体系里有一种物质是[C2H8ON]+[ ...

如果你用packmol建体系，直接把[C2H8ON]+[Cl]-整个作为一个分子来加

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-5-14 08:17
老师您好，我用的是packmol建立体系，但是将它作为一个整体，会不会改变了电性呢？

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