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标题: 请教，分子动力学依据什么判断所得到的轨迹能用来分析 [打印本页]

作者
Author: xcandy 时间: 2019-5-13 15:50
标题: 请教，分子动力学依据什么判断所得到的轨迹能用来分析
做了一个dna的体系，跑了200ns,体系的总能量只是保证在一段时间（约几十ns)内于一定范围内波动，之后会变化
老师质疑我的体系并没有平衡（他本人是搞量化的)，所以所得到的轨迹并不能用于分析结构变化
找了很多文献，很少有人提及平衡的事，以及判断平衡与否的标准
不太理解所谓的“平衡”到底是指什么，他本人认为是能量保持不变。
做了RMSD，发现同是DNA体系，也并不能像蛋白质一样保持较小的变化
所以各位老师，你们都是怎么判断所得到的轨迹可用来分析的，或者难道动力学就是来解释这些变化的原因的？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-14 03:03
生物分子一般就是看RMSD。看能量一般没太大意义。DNA的RMSD比蛋白质大是正常现象。

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2020-2-12 19:00
我做过Protein-DNA 复合物的模拟以及apo-DNA的模拟，复合物的RMSD1-2埃，但apo-DNA的能到3埃甚至更高，当RMSD稳定时就可以认识DNA模拟平衡了吧

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