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标题: 求助：关于并行作业提交服务器出现的问题 [打印本页]

作者
Author: yyy1996 时间: 2019-5-14 12:27
标题: 求助：关于并行作业提交服务器出现的问题
提交的作业脚本pbs如下，#!/bin/bash
#PBS -N md5_tl_cons
#PBS -l nodes=4:ppn=16
#PBS -q high
cd $PBS_O_WORKDIR
#MD
mpirun -np 64 mdrun -deffnm md5_tl_cons
然后服务器那边给的反馈是/opt/gridview//pbs/dispatcher/mom_priv/jobs/67039.sg.local.SC: line 8: mpirun: command not found
提交时候的命令是qsub md5_tl_cons.pbs
请问一下大家这个应该怎么样修改一下呢，谢谢大家！

作者
Author: abin 时间: 2019-5-14 13:37
请在使用mpirun之前的行，加入有关MPI的设定。

作者
Author: yyy1996 时间: 2019-5-14 15:05

abin 发表于 2019-5-14 13:37
请在使用mpirun之前的行，加入有关MPI的设定。

谢谢你，这个是我们学校的说明书。按照这么说的话，我的脚本文件这么改对不对呢。#!/bin/bash

#PBS -N md5_tl_cons
#PBS -l nodes=4:ppn=16
#PBS -q high
echo This jobs is $PBS_JOBID@$PBS_QUEUE
cd $PBS_O_WORKDIR
#MD
mpirun -np 64 mdrun -deffnm md5_tl_cons

谢谢你啦！！！

作者
Author: abin 时间: 2019-5-17 16:12

yyy1996 发表于 2019-5-14 15:05
谢谢你，这个是我们学校的说明书。按照这么说的话，我的脚本文件这么改对不对呢。#!/bin/bash

#PBS -N ...

不对。

如果只用你提供的图片示例，肯定不对啦。

除非系统有全局设定MPI在哪里？

作者
Author: yyy1996 时间: 2019-5-20 21:31

abin 发表于 2019-5-17 16:12
不对。

如果只用你提供的图片示例，肯定不对啦。

已经解决啦谢谢你。在前面加了个export就好啦

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