计算化学公社

标题: 审稿意见求助，关于反应路径和熵变。 [打印本页]

作者
Author: pikomon 时间: 2019-5-14 16:08
标题: 审稿意见求助，关于反应路径和熵变。
计算反应路径，其中有一步反应为H3PO4和CH3自由基的反应，审稿人意见为：the O-H bond strength of H3PO4 can be calculated fromthe gas acidity of H3PO4 and the electron affinity of H2PO4-. How does thatcompare with the C0H bond energy of CH4 and so one can derive an experimentalvalue for the H transfer from Ch4 and H2PO4. What about phosphrane derivativesas intermediates or transition states.请问他是什么意思？我们的计算结果说明H3PO4和CH3自由基的反应是放热的，是正向进行的。是否存在CH3直接取代掉H3PO4中一个OH，然后OH与一个H生成H2O的可能性？另外，我们的文章中对计算路径中的自由能和焓变进行了详细比较分析，审稿人认为需要加上对熵变的分析，有大神指导应该怎么实现不

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-14 20:08
让你基于实验上已有的气相酸度和电子亲和能去算H3PO4解离成H2PO4和H自由基的焓变（恰当构建热力学循环得到），和你自己算的进行对照

作者
Author: pikomon 时间: 2019-5-15 15:34

sobereva 发表于 2019-5-14 20:08
让你基于实验上已有的气相酸度和电子亲和能去算H3PO4解离成H2PO4和H自由基的焓变（恰当构建热力学循环得到 ...

感谢您的回复。另外有一个问题，目前我们的计算中已有计算路径中的自由能和焓变，是否有必要加上对熵变的探讨？若有必要，该如何实现？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-15 17:15

pikomon 发表于 2019-5-15 15:34
感谢您的回复。另外有一个问题，目前我们的计算中已有计算路径中的自由能和焓变，是否有必要加上对熵变的 ...

审稿人让你讨论就讨论呗，说说各个结构的熵或者-TS项的大小。振动分析输出文件里直接就有熵的数据。

作者
Author: granvia 时间: 2019-5-15 20:48
本帖最后由 granvia 于 2019-5-15 20:49 编辑

pikomon 发表于 2019-5-15 15:34
感谢您的回复。另外有一个问题，目前我们的计算中已有计算路径中的自由能和焓变，是否有必要加上对熵变的 ...

(H-G)/T即为熵。若需考虑各motion的贡献，Guassian频率计算输出文件有输出（默认是标准条件下的），若自定义温度和压力，可用freqchk处理下check-point文件即可

作者
Author: pikomon 时间: 2019-5-17 10:48

sobereva 发表于 2019-5-15 17:15
审稿人让你讨论就讨论呗，说说各个结构的熵或者-TS项的大小。振动分析输出文件里直接就有熵的数据。

感谢老师您的回复。关于您之前回复的基于实验上已有的气相酸度和电子亲和能去算H3PO4解离成H2PO4和H自由基的焓变，这应该怎么实现呀，能否指导一二

作者
Author: pikomon 时间: 2019-5-17 10:50

granvia 发表于 2019-5-15 20:48
(H-G)/T即为熵。若需考虑各motion的贡献，Guassian频率计算输出文件有输出（默认是标准条件下的），若 ...

感谢您的回复。受益匪浅。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-17 18:23

pikomon 发表于 2019-5-17 10:48
感谢老师您的回复。关于您之前回复的基于实验上已有的气相酸度和电子亲和能去算H3PO4解离成H2PO4和H自由 ...

酸度对应质子解离过程的pka，也对应质子解离过程的自由能变
绝热电子亲和能是两个态之间的焓的差
根据定义恰当设计热力学循环，我只能提示到这了

作者
Author: pikomon 时间: 2019-5-18 12:12

sobereva 发表于 2019-5-17 18:23
酸度对应质子解离过程的pka，也对应质子解离过程的自由能变
绝热电子亲和能是两个态之间的焓的差
根据 ...

非常感谢您的回复。

作者
Author: caoss 时间: 2019-8-22 21:37
你好，关于在反应路径中讨论熵变的问题，不知道你是怎么讨论的这个问题呢？或者你的文章是否已经接收？可以推荐给我阅读吗？感谢

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