计算化学公社

标题: 求教Gromacs计算NPT系综的密度和蒸发焓，以及NVT系综的表面张力的方法？ [打印本页]

作者
Author: 天波稀客 时间: 2019-5-14 16:55
标题: 求教Gromacs计算NPT系综的密度和蒸发焓，以及NVT系综的表面张力的方法？
本人才接触Gromacs不久，即将参加6月6日的第五届GROMACS程序培训班，有几个小白问题想弄个清楚，有了解的大神恳请告知。
① 我对模拟时间100ns、模拟尺度500粒子数的NPT水盒子，使用g_energy_mpi -f npt100.edr -b 50000命令计算后50ns轨迹的Potential和Density，所得的Potential值-20673.5（Average）怎么与蒸发焓进行换算？关系式（ΔH = Potential/500 - 2.477）对吗？所得的Density值1006.3（Average）即该体系后50ns的平均密度（单位g/L）对吗？② 我对模拟时间100ns、模拟尺度4000粒子数的NVT水盒子（尺寸8.5×8.5×25，约一半水一半真空），使用g_energy_mpi -f nvt100.edr -b 50000命令计算后50ns轨迹的#Surf*SurfTen，所得的#Surf*SurfTen值1451.6怎么与水/真空界面的表面张力进行换算？关系式（水/真空界面表面张力 = #Surf*SurfTen/20）对吗？

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-5-14 19:04
你这不是完整的命令吧

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-14 20:03
蒸发焓、表面张力的计算在你这次参加的北京科音分子动力学与GROMACS培训班里都有，到时候参加过就明白了

作者
Author: 天波稀客 时间: 2019-5-14 20:10

少年爱吃地三鲜发表于 2019-5-14 19:04
你这不是完整的命令吧

这里的命令是调用g_energy程序分析md轨迹的，完整命令与分析目标性质（密度、蒸发焓、表面张力）有关

作者
Author: 天波稀客 时间: 2019-5-14 20:25

sobereva 发表于 2019-5-14 20:03
蒸发焓、表面张力的计算在你这次参加的北京科音分子动力学与GROMACS培训班里都有，到时候参加过就明白了

后天就要组会了，这部分工作需要汇报，，，这个问题可能一下两下讲不清楚，现在着急想跟sob老师确认两个问题，就是g_energy分析双相NVT系综所得的#Surf*SurfTen与界面面积有关系吗？比如完全相同的双相体系，一个界面为10×10，另一个界面为5×5，这时候g_energy程序分别给出的两个#Surf*SurfTen计算值，却只有较小的差异。我在http://bbs.keinsci.com/thread-3433-1-1.html看到您提及过一下#Surf*SurfTen，不确定是我用#Surf*SurfTen的时候出了问题，还是使用的系综尺寸有问题（液相水的体积为8.5×8.5×8.5，气相真空的体积为8.5×8.5×17，这样的尺寸合适吗？）

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-5-14 21:06

sobereva 发表于 2019-5-14 20:03
蒸发焓、表面张力的计算在你这次参加的北京科音分子动力学与GROMACS培训班里都有，到时候参加过就明白了

老师，请问，这次培训会讲gromacs中调用GAFF力场的过程吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-14 21:44

少年爱吃地三鲜发表于 2019-5-14 21:06
老师，请问，这次培训会讲gromacs中调用GAFF力场的过程吗？

会

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-5-15 08:02

sobereva 发表于 2019-5-14 21:44
会

感激不尽！

作者
Author: 蕊蕊花儿杰杰 时间: 2021-6-16 16:43
您好，您的蒸发焓计算出来了吗？您这个帖子有答案了吗？谢谢，我也是刚接触，想要算蒸发焓

作者
Author: dollar 时间: 2024-3-5 10:39

sobereva 发表于 2019-5-14 20:03
蒸发焓、表面张力的计算在你这次参加的北京科音分子动力学与GROMACS培训班里都有，到时候参加过就明白了

你好，请问可以请教GROMACS计算蒸发焓吗？非常感谢，有偿，可以线上授课的形式

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-5 11:41

dollar 发表于 2024-3-5 10:39
你好，请问可以请教GROMACS计算蒸发焓吗？非常感谢，有偿，可以线上授课的形式

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）
买往届资料自学，怎么购买里面明确写了，要么参加下一届现场培训

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)