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标题: 求助Amber产生的.nc轨迹文件转.xyz文件 [打印本页]

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2019-5-15 19:04
标题: 求助Amber产生的.nc轨迹文件转.xyz文件
请教论坛大神是否有办法提取轨迹文件中每一帧的结构三维坐标信息并保存成.xyz各式

我直接使用cpptraj:
1 parm *.prmtop
2 trajin md49.nc 1 25 1
3 strip :WAT,Na+,Cl-
4 trajout md49.xyz xyz

得到的结果是不给出帧数分割甚至没有原子名字的：
1  Cpptraj Generated trajectory
2 5.034 -15.062 -34.700 5.530 -14.182 -34.709 5.295 -15.449 -35.596 5.498
3  -15.707 -34.077 3.602 -14.882 -34.513 3.197 -15.839 -34.183 3.402 -13.921
4  -33.311 3.996 -13.009 -33.391 2.346 -13.662 -33.212 3.783 -14.596 -31.995
5 4.985 -14.284 -31.412 5.654 -13.574 -31.875 5.324 -14.950 -30.206 6.310
6  -14.790 -29.796 4.381 -15.783 -29.613 4.593 -16.245 -28.660 3.077 -15.856
7  -30.054 2.289 -16.416 -29.571 2.787 -15.288 -31.301 1.766 -15.411 -31.633
8 2.874 -14.313 -35.706 3.461 -13.665 -36.543 1.551 -14.544 -35.852 1.052
9  -15.093 -35.168 0.806 -14.032 -37.022 1.349 -14.310 -37.928  -0.598 -14.701
10  -37.189  -1.305 -14.409 -36.410  -0.925 -14.352 -38.171  -0.602 -16.264 -37.260

作者
Author: cokoy 时间: 2019-5-15 19:34
本帖最后由 cokoy 于 2019-5-15 19:36 编辑

没怎么用过amber，强答一波。不能用vmd存成xyz吗?

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-15 20:56
VMD载入，保存成xyz格式是最方便的

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