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标题: 1,4相互作用校正因子的问题 [打印本页]

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Author: 苏玖染 时间: 2019-5-16 13:13
标题: 1,4相互作用校正因子的问题
我需要将GLYCAM力场和GAFF力场一起用，但是它们的1,4相互作用校正因子不同，GAFF力场中, 分子内1-4非键相互作用的校正因子为0.5和0.8333, 而GLYCAM力场中二者都是1.0

较好的处理办法： GROMACS可以实现使用混合的1-4非键作用因子。在GROMACS中只要把[ pairs ]部分的函数类型改成2, 并提供fudgeQQ, q_i, q_j, sigma_ij, epsilon_ij五个参数就可以了。

gromacs手册里面说，在其他力场中, 如OPLS[101], 标准的Lennard-Jones参数减少为原来的1/2, 但在这种情况下, 也会对色散(r-6)和库伦相互作用进行相应的缩放. GROMACS可以使用这些方法中的任何一种.

但是这个缩放因子不是对于相互作用能去缩放的么？在pairs字段中，函数类型如果为2，需要提供fudgeQQ, q_i, q_j, sigma_ij, epsilon_ij，
如果前面[defaults]字段我的fudgeQQ和fudgeij都设成1，那么后面我改使用gaff力场的分子参数，fudgeQQ改成0.8333，sigma_ij, epsilon_ij怎么改？是不是只用改epsilon_ij的值，因为我看这个缩放因子是针对计算完的相互作用能来计算的，根据计算公式，epsilon是在括号外面的；还是如上所说，将sigma_ij和epsilon_ij都改成计算完的值的1/2 ？

作者
Author: wbn 时间: 2019-5-17 02:44
本帖最后由 wbn 于 2019-5-17 02:45 编辑

我没用过[ pairs ] type 2, 对于这一点不敢乱说。但是我可以跟你说一下[ pairs ] 这部分是怎么工作的：在 [ moleculetype ] 字段中一般设置 nrexcl 为3，排除了所有了1-4非键作用。然后你应当手动将所有的1-4原子对加入[ pairs ] 当中。如果 [ pairs ] 后面提供了参数，程序将读取这些参数，如果 [ pairs ] 中没有参数，而且 [ defaults ] 当中设置 gen-pairs 为 yes, 那么程序就根据 [ defaults ] 中的 fudgeLJ 和 fudgeQQ 为 [ pairs ]中每一对计算nonbonded 参数。

所以在你这种情况下你应该自己计算所有pairs 的参数，这样子 [ defaults ] 中的设置就不起作用了。

epsilon_ij 改， sigma_ij 不能改。因为sigma代表两个原子的平衡距离，改了就不对了。当然这里的sigma_ij 和epsilon_ij 都是你根据combine rule 算出来的两个原子结合的数值。

如果你不太清楚你设置得对不对，可以跑一个test MD来测试一下你的能量对不对，手动编辑一下gro 文件，使其指包含你感兴趣的两个原子，手动设置一下他们的距离，top文件里也只留下你感兴趣的项(参照我这个帖子里做的gro 和 top http://bbs.keinsci.com/thread-10180-1-1.html)，然后用类似于这样的mdp 把所有原子冻住算一下体系的能量，看看和你手算的符合不符合

title = model
cpp = /lib/cpp
define =
integrator = md
dt = 0.001
nsteps = 500
nstxout = 10
nstvout = 10
nstlog = 10
nstenergy = 10
nstxtcout = 10
xtc-grps = TEST
pbc = no
nstlist = 0
ns-type = grid
rlist = 0
coulombtype = cut-off
rcoulomb = 0
rvdw = 0
tcoupl = no
Pcoupl = no
freezegrps = TEST
freezedim = Y Y Y
constraints = none

复制代码

作者
Author: 苏玖染 时间: 2019-5-17 09:07

wbn 发表于 2019-5-17 02:44
我没用过[ pairs ] type 2, 对于这一点不敢乱说。但是我可以跟你说一下[ pairs ] 这部分是怎么工作的：在 [ ...

谢谢您，我再来试试

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-10-22 10:12
请问楼主解决这个问题了吗

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-10-15 20:26
请问您如何实现glycam力场和gaff力场在gromacs里面的应用的？另外您这个问题怎么解决的呢？

作者
Author: diaok 时间: 2020-10-16 08:58
acpype后面的版本加入了生成glycam的1-4相互作用
然后就能混着用了

作者
Author: 苏玖染 时间: 2020-10-16 09:45

diaok 发表于 2020-10-16 08:58
acpype后面的版本加入了生成glycam的1-4相互作用
然后就能混着用了

好的，谢谢，虽然我前面是自己写脚本改的

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-10-21 10:06

diaok 发表于 2020-10-16 08:58
acpype后面的版本加入了生成glycam的1-4相互作用
然后就能混着用了

您好，这个是怎么实现的呢？

作者
Author: 446584935 时间: 2025-1-3 18:11

wbn 发表于 2019-5-17 02:44
我没用过[ pairs ] type 2, 对于这一点不敢乱说。但是我可以跟你说一下[ pairs ] 这部分是怎么工作的：在 [ ...

借楼请教一下，我现在模拟多糖和小分子的混合物，多糖用Glycam力场生成了gmx运行的top文件,小分子用GAFF力场。是不是只要[pairs]里面有参数，哪怕[defaults] gen-pairs 是yes,程序会优先读取[pairs]里面的参数，而不是根据[ defaults ] 中的 fudgeLJ 和 fudgeQQ计算nonbonded 参数，不知道我理解的对不对？
Glycam力场生成的多糖[pairs]里面有参数，我想跟GAFF混用，只需要把gen-pairs 改为yes，校正因子写为0.5和0.8333就可以？

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