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标题: 一篇全面测试Autodock、Vina和其它程序对接精度的文章(JCIM,2018) [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-17 05:59
标题: 一篇全面测试Autodock、Vina和其它程序对接精度的文章(JCIM,2018)
用知名的CASF测试集测试了最主流的对接程序Autodock和后来的Vina，并与其它主流对接程序的精度做了对比，测试和讨论全面充分，文章有普遍意义，值得一看。
Evaluation of AutoDock and AutoDock Vina on the CASF-2013 Benchmark
Thomas Gaillard
J. Chem. Inf. Model. 2018, 58, 1697−1706

(, 下载次数 Times of downloads: 580)

作者
Author: zsu007 时间: 2019-5-17 08:10
谢谢社长的分享！

作者
Author: yangchao 时间: 2019-5-17 10:12
2018年度实际D3R竞赛测试下来 vina的表现烂得掉渣...

作者
Author: caohuiming 时间: 2019-5-17 11:00
里面用到的DS和SYBYL的一推打分函数，实际都是不怎末用的。当然显得vina的能力很强。
比较对接能力（结合pose的RMSD），免费软件里面还是LEdock最强。

作者
Author: cokoy 时间: 2019-5-17 12:27

caohuiming 发表于 2019-5-17 11:00
里面用到的DS和SYBYL的一推打分函数，实际都是不怎末用的。当然显得vina的能力很强。
比较对接能力（结合p ...

那包括收费软件的话，哪款软件精度好一点，有相关的文献吗？

作者
Author: caohuiming 时间: 2019-5-17 12:45

cokoy 发表于 2019-5-17 12:27
那包括收费软件的话，哪款软件精度好一点，有相关的文献吗？

可以参考这篇测评文献Comprehensive evaluation of ten docking programs on a diverse set of protein–ligand complexes: the prediction accuracy of sampling power and scoring power. Phys Chem Chem Phys18(18):12964–12975

作者
Author: cokoy 时间: 2019-5-17 14:19

caohuiming 发表于 2019-5-17 12:45
可以参考这篇测评文献Comprehensive evaluation of ten docking programs on a diverse set of protein– ...

这是在LEDOCK首页上那篇吧，我以前看过，不过还是很感谢了。
http://www.lephar.com/software.htm

作者
Author: ene 时间: 2019-5-17 14:46

cokoy 发表于 2019-5-17 12:27
那包括收费软件的话，哪款软件精度好一点，有相关的文献吗？

搜索构象上ledock很厉害了，只不过打分函数还有提升空间，对比glide的gscore之类还是有一点差距

作者
Author: azero 时间: 2019-5-19 11:15
本帖最后由 azero 于 2019-5-19 11:20 编辑

ene 发表于 2019-5-17 14:46
搜索构象上ledock很厉害了，只不过打分函数还有提升空间，对比glide的gscore之类还是有一点差距

最近才开始用gold，貌似CHEMPLP打分总体略好点？
见到手册推荐这个，但不知道什么时候才选用goldscore，chemscore或ASP

作者
Author: stevenabing 时间: 2019-5-20 09:43
分子对接软件，个人认为最好的是以前的Molgero（MVD）。
我多次试过，取个Complex，将原来的配体取出进行对接，基本上和原来是重叠的，而且操作简单。

作者
Author: lonemen 时间: 2019-9-17 09:18

stevenabing 发表于 2019-5-20 09:43
分子对接软件，个人认为最好的是以前的Molgero（MVD）。
我多次试过，取个Complex，将原来的配体取出进行 ...

多谢推荐！

作者
Author: tjuptz 时间: 2020-2-10 22:13
请问对于初学者而言，免费对接程序中哪个比较合适呢？autodock似乎在用户群体与知名度上好像更高，而横测表示好像ledock在构象搜索上更胜一筹。另外，已经有那么多在线的服务器了，但与程序相比似乎没啥存在感，为啥呀……

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-11 12:03

tjuptz 发表于 2020-2-10 22:13
请问对于初学者而言，免费对接程序中哪个比较合适呢？autodock似乎在用户群体与知名度上好像更高，而横测表 ...

ledock就挺好，容易上手，速度也不错

作者
Author: tjuptz 时间: 2020-2-11 12:31
本帖最后由 tjuptz 于 2020-2-11 13:57 编辑

puzhongji 发表于 2020-2-11 12:22
特殊时期，ledock开发者免费提供专业版ledock：
lephar.com/product/ledock.zip
lephar.com/product/lepo ...

谢谢，没想到还有这个。另，这个群搜不到呀

作者
Author: tjuptz 时间: 2020-2-11 14:04

sobereva 发表于 2020-2-11 12:03
ledock就挺好，容易上手，速度也不错

谢谢老师

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2020-2-12 18:41

puzhongji 发表于 2020-2-11 12:22
特殊时期，ledock开发者免费提供专业版ledock：
lephar.com/product/ledock.zip
lephar.com/product/lepo ...

谢谢，我也没找到QQ群

作者
Author: puzhongji 时间: 2020-2-13 06:49

lijiayisjtu 发表于 2020-2-12 18:41
谢谢，我也没找到QQ群

点击链接加入群聊【LeDock药设与分子模拟】：https://jq.qq.com/?_wv=1027&k=5mJ45Gp

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2020-2-13 16:53

puzhongji 发表于 2020-2-13 06:49
点击链接加入群聊【LeDock药设与分子模拟】：https://jq.qq.com/?_wv=1027&k=5mJ45Gp

OK 谢谢

作者
Author: xking 时间: 2021-11-16 18:18
请问老师有vina的软件包吗，现在vina官网不提供win版的软件了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-17 02:15

xking 发表于 2021-11-16 18:18
请问老师有vina的软件包吗，现在vina官网不提供win版的软件了

用新版本。在vmware虚拟机下运行就完了

非要用原生windows版下这个 (, 下载次数 Times of downloads: 8)

作者
Author: xking 时间: 2021-12-28 20:54

sobereva 发表于 2021-11-17 02:15
用新版本。在vmware虚拟机下运行就完了

非要用原生windows版下这个

多谢sob老师

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-29 15:49
vina其实还行，反正做完了对接还要跑MD的，对接出来的位置和姿势大体差不多就行

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