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标题: 求助粗粒化的膜蛋白能量Min的问题 [打印本页]

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Author: 路过的一只 时间: 2019-5-17 18:58
标题: 求助粗粒化的膜蛋白能量Min的问题
拜托各位大神看过来……求助问题，我用Martini和insane的脚本做了一个粗粒化的膜蛋白（脂质成分较复杂，已溶剂化），在进行minimization时的结果不太理解……我的mdp文件如图，是教程的文件略改 (, 下载次数 Times of downloads: 41)

当我输入grompp -f minimization.mdp -c system-solvated.gro -p system.top -o minimization.tpr
会出现图一的note (, 下载次数 Times of downloads: 44)
当我输入mdrun -deffnm minimization -v
则如图二…… (, 下载次数 Times of downloads: 47)

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-17 22:38
盒子里没加抗衡离子？

作者
Author: 路过的一只 时间: 2019-5-18 09:58

sobereva 发表于 2019-5-17 22:38
盒子里没加抗衡离子？

谢谢老师回复！我在用insane生成膜&盒子时有加入0.15的nacl，之后直接进行的这步min，我看到note说non-zero total charge，但我不是很清楚为什么和怎么加这个抗衡离子呢？

作者
Author: 路过的一只 时间: 2019-5-18 15:11

sobereva 发表于 2019-5-17 22:38
盒子里没加抗衡离子？

老师，我搜到了这个命令行：$gmx/genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -np 225 -nname CL 加入了225个NA之后，不会出现那个note了！~但是我还不是很理解为什么会出现这个问题？现在加的na+很明显比cl-多出好多……

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Author: sobereva 时间: 2019-5-19 00:24

路过的一只发表于 2019-5-18 15:11
老师，我搜到了这个命令行：$gmx/genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -np 225 ...

本来蛋白质、磷脂在水环境下就并不都是中性的，整体带净电荷是司空见惯的，不加抗衡离子显然不行。我建议你先把普通力场的蛋白质动力学基本流程搞明白再去做粗粒化的。盒子整体电荷必须通过加抗衡离子使之为0，否则化学意义上说不通，程序计算上也会遇到问题

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Author: 路过的一只 时间: 2019-5-19 09:45

sobereva 发表于 2019-5-19 00:24
本来蛋白质、磷脂在水环境下就并不都是中性的，整体带净电荷是司空见惯的，不加抗衡离子显然不行。我建议 ...

谢谢老师回复！好的老师~

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