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标题: 求助：化学势怎么计算 [打印本页]

作者
Author: 下午茶 时间: 2019-5-18 16:25
标题: 求助：化学势怎么计算
请问像这种化学势是怎么计算的？ (, 下载次数 Times of downloads: 95) 用什么软件计算？

作者
Author: granvia 时间: 2019-5-18 20:34
就是平均每个原子的吉布斯自由能。吉布斯自由能可从电子能量和配分函数得到，后者需要算频率分析

作者
Author: k64_cc 时间: 2019-5-19 21:37
用grand canonical monte carlo.

作者
Author: 下午茶 时间: 2019-5-20 08:22

k64_cc 发表于 2019-5-19 21:37
用grand canonical monte carlo.

请问CASTEP能算吗？

作者
Author: 下午茶 时间: 2019-5-20 08:46

granvia 发表于 2019-5-18 20:34
就是平均每个原子的吉布斯自由能。吉布斯自由能可从电子能量和配分函数得到，后者需要算频率分析

请问在Materials Studio里面如何计算啊,如果是计算F2分子的化学势应该怎么构建 . 谢谢!

作者
Author: h840473807 时间: 2019-5-20 08:50

下午茶发表于 2019-5-20 08:46
请问在Materials Studio里面如何计算啊,如果是计算F2分子的化学势应该怎么构建 . 谢谢!

对于气态纯物质，化学势就是其摩尔吉布斯自由能，按自由能的标准计算方法计算即可。

作者
Author: 下午茶 时间: 2019-5-20 09:17

granvia 发表于 2019-5-18 20:34
就是平均每个原子的吉布斯自由能。吉布斯自由能可从电子能量和配分函数得到，后者需要算频率分析

请问电子能量和配分函数是怎么得到的呢？

作者
Author: 下午茶 时间: 2019-5-20 09:24

h840473807 发表于 2019-5-20 08:50
对于气态纯物质，化学势就是其摩尔吉布斯自由能，按自由能的标准计算方法计算即可。

请问自由能的标准计算方法是什么？

作者
Author: 下午茶 时间: 2019-5-20 09:32

h840473807 发表于 2019-5-20 08:50
对于气态纯物质，化学势就是其摩尔吉布斯自由能，按自由能的标准计算方法计算即可。

请问这个是可以查表查到吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-5-20 11:21

下午茶发表于 2019-5-20 08:22
请问CASTEP能算吗？

能算。电子能量就是构型优化后SCF的得到的能量；振动贡献由声子计算得到，这个过程不管用CASTEP还是VASP等这些支持周期性边界条件计算的程序都可以做；对于气体，如果要同样采用CASTEP和VASP这些程序做，需要把气体放在大的格子里面来模拟无周期性边界的情况，需要注意的是有些程序对这种情况并不考虑气体的平动转动，这部分需要手工加上。

作者
Author: 下午茶 时间: 2019-5-20 11:33

卡开发发发表于 2019-5-20 11:21
能算。电子能量就是构型优化后SCF的得到的能量；振动贡献由声子计算得到，这个过程不管用CASTEP还是VASP ...

好的，谢谢

作者
Author: 下午茶 时间: 2019-5-20 15:48

卡开发发发表于 2019-5-20 11:21
能算。电子能量就是构型优化后SCF的得到的能量；振动贡献由声子计算得到，这个过程不管用CASTEP还是VASP ...

请问我在算化合物的时候文献里不可能给出其中的某一种单质的参数 (, 下载次数 Times of downloads: 85) ，如果一种元素单质有多种结构，我们应该如何去选择用那一种结构计算，或者说用哪一种计算都可以呢？比如下面这个例子： (, 下载次数 Times of downloads: 77)

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-5-20 16:01

下午茶发表于 2019-5-20 15:48
请问我在算化合物的时候文献里不可能给出其中的某一种单质的参数，如果一种元素单质有多种结构，我们应 ...

一般挑稳定相作为参考，如F原子这些非金属则参考F2气体。

作者
Author: 下午茶 时间: 2019-5-20 16:09

卡开发发发表于 2019-5-20 11:21
能算。电子能量就是构型优化后SCF的得到的能量；振动贡献由声子计算得到，这个过程不管用CASTEP还是VASP ...

放格子里不就是给了它周期性边界了吗

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-5-20 16:23

下午茶发表于 2019-5-20 16:09
放格子里不就是给了它周期性边界了吗

电中性体系足够大的盒子足以模拟非周期边界条件情形。

作者
Author: granvia 时间: 2019-5-20 23:02

下午茶发表于 2019-5-20 15:48
请问我在算化合物的时候文献里不可能给出其中的某一种单质的参数，如果一种元素单质有多种结构，我们应 ...

图片中的英文表达感觉有点问题

作者
Author: 下午茶 时间: 2019-5-21 08:15

卡开发发发表于 2019-5-20 16:23
电中性体系足够大的盒子足以模拟非周期边界条件情形。

请问足够大是多大呢？

作者
Author: 下午茶 时间: 2019-5-21 08:17

granvia 发表于 2019-5-20 23:02
图片中的英文表达感觉有点问题

请问你感觉哪里有问题呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-5-21 08:39

下午茶发表于 2019-5-21 08:15
请问足够大是多大呢？

收敛性测试确定。通常采用Markov-Payne之类的修正可以有效降低格子大小，可以使测试迅速收敛。

作者
Author: 加农炮 时间: 2020-12-6 23:37
用castep计算化学势，能分享一下计算方法吗？vasp和castep计算出来的能量也不同，化学势会不会不同

作者
Author: xiapin 时间: 2021-1-28 22:07

卡开发发发表于 2019-5-20 16:01
一般挑稳定相作为参考，如F原子这些非金属则参考F2气体。

老师，您好！想请教一下：计算酞菁铁形成能的时候涉及到了N、H、C的化学势进行加减，利用Dmol3软件，C用的是C在石墨烯中化学势，从MS库里直接导出了石墨烯，由于其本身带了盒子，现在想问
1.C的化学势能不能用石墨烯的能量除以C的个数？
2.利用N2和H2算N、H化学势的时候需不需要将N2、H2放在和上述1中石墨烯一样大的盒子里,因为涉及到几种元素化学势的加减？
3.额外再问一下关于Fe的化学势，Dmol3求出单晶胞Fe的能量除以原子个数行吗？但是发现Fe原子有的在盒子的面上，有的在角上，直接除会不会有影响。

作者
Author: huangtf 时间: 2022-1-7 21:26
本帖最后由 huangtf 于 2022-1-7 21:28 编辑

卡开发发发表于 2019-5-20 11:21
能算。电子能量就是构型优化后SCF的得到的能量；振动贡献由声子计算得到，这个过程不管用CASTEP还是VASP ...

请问老师，对于楼主的Yb, Na, Zr晶体，为了获得化学势（平均每个原子的吉布斯自由能），用VASP（设置IBRION = 5; POTIM = 0.015; NFREE = 2，详见http://bbs.keinsci.com/thread-12597-1-2.html）来算SCF和振动，可以吗？谢谢！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-1-7 22:24

huangtf 发表于 2022-1-7 21:26
请问老师，对于楼主的Yb, Na, Zr晶体，为了获得化学势（平均每个原子的吉布斯自由能），用VASP（设置IBRI ...

可以，按道理可以结合一些第三方的程序来分析热化学数据，例如Phonopy。

作者
Author: huangtf 时间: 2022-1-10 22:27

卡开发发发表于 2022-1-7 22:24
可以，按道理可以结合一些第三方的程序来分析热化学数据，例如Phonopy。

老师，您好！这样理解：可以使用VASP来计算SCF和振动，在INCAR文件中设置IBRION = 5; POTIM = 0.015; NFREE = 2。然后，用Phonopy（第三方的程序）对VASP的输出文件进行后处理，来获得热化学数据（化学势）。老师您看我理解的有问题吗？谢谢老师！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-1-10 23:32

huangtf 发表于 2022-1-10 22:27
老师，您好！这样理解：可以使用VASP来计算SCF和振动，在INCAR文件中设置IBRION = 5; POTIM = 0.015; NFR ...

理解没问题，操作的话Phonopy官网上面有说法你可以自己研究下。Phonopy应该并非只能针对线性响应的方法处理声子（IBRION=6 or 8），使用IBRION=5 or 7也可以；另一种方式是有限差分所产生的原子位移又Phonopy产生，Phonopy会去读取这些原子位移后的晶胞以及其受力来进行差分，本质上同IBRION=5一样。需要注意的是上述几种方法对于小的晶胞都要做扩超晶格处理。

作者
Author: 丁真xxx 时间: 2023-6-13 11:55

卡开发发发表于 2019-5-20 11:21
能算。电子能量就是构型优化后SCF的得到的能量；振动贡献由声子计算得到，这个过程不管用CASTEP还是VASP ...

请问我用Dmol计算，直接导入一个Fe块体，几个优化除以原子个数，请问这样是否可行？

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