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标题: 快速绘制高清LOL-pi等值面图 [打印本页]

作者
Author: exity 时间: 2019-5-19 22:37
标题: 快速绘制高清LOL-pi等值面图
本帖最后由 exity 于 2019-5-21 09:18 编辑

更新@2019/5/21
昨天有人问我，用VMD来绘制这种图固然很好很漂亮，但是我之前做图都是用GV做的，为了保证前后的一致性，能不能用GV来画这种图，我摸索了一下，发现GV绘制也很简单，虽然效果不如VMD，但是每个人都有每个人的需求，希望能对大家有用。
这次我绘制的是一个EE2（雌二醇）的结构，前面处理步骤都一模一样，直到VMD文件价里生成LOL.cub文件。
这时用GV打开这个cub文件
右键-results-Surfaces/Contours
把Surface Avaiable里的 Density调节成0.5，然后点击Surface Actions-New surface即可见LOL的等值面图，精心调教一下图形参数，效果也不错，还能自带原子序号和符号，算是为数不多的优点了，笑！
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成品图如下
(, 下载次数 Times of downloads: 107)
END!

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LOL填色图很好用，特别是用于表示含苯环结构中的电子离域性的时候，但是multiwfn绘制该平面填色图的时候有一个缺陷，就是当要考察的共轭环结构（例如：苯环）平面不在xz，xy，yz平面上的时候，不能设置平面的偏移距离（例如设置Z轴偏移1.2bohr，以更好的考察pi电子），例如对于联苯的结构，若优化后两个苯环不在一个平面上，就不能用LOL的填色图来考察某一个苯环上的pi电子结构。
这时，利用强大的Multiwfn软件里的“单独考察pi电子”的能力（见http://sobereva.com/432），就能绘制出3D的LOL等值面图，方便考察电子离域性，效果颇佳。
但是点击起来步骤还挺多的，为了避免出错，特意从卢老师的一个帖子里修改了一个批处理文件，联用VMD，快速绘制LOL高清图，主要的思路也是参卢老师的帖子（http://sobereva.com/447），特意分享给大家，请批评指正。

1. 下载我上传的压缩文件夹，解压缩到桌面，文件夹里包括VMD和Multiwfn两个文件夹
2.把fch文件放入multiwfn文件夹里，假设名为“test.fch”

3. 用记事本编辑multiwfn文件夹中的showlol.bat文件，内容如下:

Multiwfn 123.fch < showlol.txt
move /Y *.cub C:\urownpathway\for_LOL_3D\VMD

把其中的“123.fch”更换成你的fch文件名，这里是“test.fch”
把其中的“C:\urownpathway\for_LOL_3D\VMD”更换成你自己的路径，例如“C:\Users\blackfish\Desktop\for_LOL_3D\VMD”

保存

4.双击showlol.bat文件，耐心等待multiwfn运行并自行关闭
5.若一切顺利，你能在VMD文件夹里发现一个新增的LOL.cub文件
6.双击打开VMD，在命令行的输入 orb LOL即可

至于怎么输出超高清图片教程，也在此一并说予大家
File-Render-Tachyou-Start Rendering
等输出后点击VMD文件夹的highresolution.bat脚本，即可得到一张4K分辨率的高清图片。

这是我自己做的一个例子的截图，效果还不错，最后感谢大家收看！！！
貌似论坛不能上传大附件，文件夹放百度盘里了，欢迎大家下载

链接: https://pan.baidu.com/s/18jzwF9hKT6upExUks-tANg

提取码: w2y7

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作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-20 02:59
如果想绘制像这种体系的平面上方比如1埃的平面图，可以用下文提到的alignplane脚本先使得某个环平行于XY平面
调节平面分子间距的方法
http://sobereva.com/178

然后算一次单点得到波函数文件。算的时候加上nosymm，并且用guess=read从之前的chk里直接读取初猜，这样跑一轮迭代就能收敛，基本没有耗时。

之后，用得到的波函数文件，绘制平面上方1埃的平面图就直接用http://sobereva.com/432的方法就行了

作者
Author: exity 时间: 2019-5-20 05:59

sobereva 发表于 2019-5-20 02:59
如果想绘制像这种体系的平面上方比如1埃的平面图，可以用下文提到的alignplane脚本先使得某个环平行于XY平 ...

谢谢社长提供的新方法

昨天我还实验了另外一种方法，就是用GV读取对应out文件后另存为一个新的gjf，然后复制一个平行苯环，手工调整在大约离要考察的苯环上方1angstorm的地方，然后保存用TXT打开读取新苯环上的三个原子坐标，在multiwfn里用“三个点确定面”的方法，我脑补了很多次，理论上说应该完全可以实现但是都失败了不知为何。

作者
Author: Aristotler 时间: 2019-5-20 21:49
VMD 里有提供制作高清图的*.bat 吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-21 01:56

Aristotler 发表于 2019-5-20 21:49
VMD 里有提供制作高清图的*.bat 吗？

没有

自行写.bat调用Tachyon渲染出的图像的分辨率想要多大就可以设多大，此文1.4节说了
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291（http://bbs.keinsci.com/thread-1206-1-1.html）

作者
Author: exity 时间: 2019-5-21 08:22

Aristotler 发表于 2019-5-20 21:49
VMD 里有提供制作高清图的*.bat 吗？

VMD不自带，我上传的VMD文件夹里包括了一个高清的.bat，名字叫 highresolution.bat

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-21 10:16
吊打GaussView

(, 下载次数 Times of downloads: 103)

作者
Author: Aristotler 时间: 2019-5-21 10:52

sobereva 发表于 2019-5-21 01:56
没有

自行写.bat调用Tachyon渲染出的图像的分辨率想要多大就可以设多大，此文1.4节说了

好的，老师，谢谢

作者
Author: Aristotler 时间: 2019-5-21 10:52

exity 发表于 2019-5-21 08:22
VMD不自带，我上传的VMD文件夹里包括了一个高清的.bat，名字叫 highresolution.bat

感谢感谢

作者
Author: exity 时间: 2019-5-21 15:06

sobereva 发表于 2019-5-21 10:16
吊打GaussView

确实吊打！！！
话说你怎么会有我的文件？顺，顺手算了一个嘛

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-21 15:22

exity 发表于 2019-5-21 15:06
确实吊打！！！
话说你怎么会有我的文件？顺，顺手算了一个嘛

输入文件是我原来的帖子里的
绘图脚本是我完全自己写的
格点数据是我重算的

作者
Author: exity 时间: 2019-5-21 15:44

sobereva 发表于 2019-5-21 15:22
输入文件是我原来的帖子里的
绘图脚本是我完全自己写的
格点数据是我重算的

误会，误会，社长威武！！！

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