计算化学公社

标题: 研究分子双键和单键的共轭效应，怎么作出图形？ [打印本页]

作者
Author: drz0918 时间: 2015-6-25 11:30
标题: 研究分子双键和单键的共轭效应，怎么作出图形？
我想研究一下链状有机物分子的p-π共轭的情况，怎么作出这种图形，能够直观的看出共轭情况，通过研究成键情况，分析这种共轭对于所要研究分子的电子性质、结构性质的影响，以及最终对其相平衡性质的影响。
我经常用的量化软件是MS和高斯，这两个能实现吗？

作者
Author: drz0918 时间: 2015-6-25 11:33
醋酸乙烯分子双键碳和烯酯氧的共轭，在什么轨道能够看出明显的电荷分布情况？

作者
Author: drz0918 时间: 2015-6-25 11:37
这是我用高斯做出来的图，希望可以帮忙分析，或者推荐其它方面的研究思路

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-25 12:21
电荷分布最直观的表征就是计算原子电荷，另外就是绘制分子表面静电势图，就是你发的第三个图。如果对静电势不了解，看http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=219。你发的第一个图毫无意义，作得方法完全不对。第二个LUMO轨道图对当前问题也没什么用处。

p-pi共轭问题可以尝试通过NBO分析的E2来讨论。
NBO可以和量化程序结合做NBO deletion下的优化，也就是在去除某个指定的共轭的情况下进行优化，可以考察你说的p-pi共轭对结构的影响，但这种分析不一定好用需要实际试试。

图形化考察成键可以用Multiwfn绘制ELF图，见《电子定域性的图形分析》（http://sobereva.com/63）

作者
Author: drz0918 时间: 2015-7-3 10:31

sobereva 发表于 2015-6-25 12:21
电荷分布最直观的表征就是计算原子电荷，另外就是绘制分子表面静电势图，就是你发的第三个图。如果对静电势 ...

你好。我这段时间看了一下NBO分析，可是那删除轨道的，具体是怎么操作我一直没有弄明白，希望你再帮我指点指点，我目前已经把各个NBO轨道都做出来了，但是不是很理解，不知道该用哪个分析：
我在小木虫上搜索的方法：在删除全部西格玛占据轨道的前提下，再删除全部内层占据轨道，当然如果有德尔塔轨道也删掉。然后用剩下的外层pi占据轨道做总电子密度。然后用这个pi占据轨道的总电子密度去做拉普拉斯图、LOL图或ELF图，你会发现只要是成pi键的地方都有小球球，特直观。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-3 11:39

drz0918 发表于 2015-7-3 10:31
你好。我这段时间看了一下NBO分析，可是那删除轨道的，具体是怎么操作我一直没有弄明白，希望你再帮我指 ...

这就是ELF-pi。看Multiwfn手册4.5.3节的例子。把除了pi轨道外的轨道占据数设0，再用Multiwfn作ELF图。
当然你的体系不是纯平面的，没法严格分离sigma和pi。

“有delta轨道也删掉”这种说法根本不对。

作者
Author: drz0918 时间: 2015-7-3 11:56

sobereva 发表于 2015-7-3 11:39
这就是ELF-pi。看Multiwfn手册4.5.3节的例子。把除了pi轨道外的轨道占据数设0，再用Multiwfn作ELF图。
...

非常的不好意思跟你提出，可以帮我做醋酸乙烯的这个ELF图吗？我主要做蒙特卡罗模拟的，这块就是为了得到一个结论，对量化以后可能都用不到。再去学这些软件，而且最后也弄不出来什么。

作者
Author: xxzj 时间: 2020-1-8 10:19

sobereva 发表于 2015-6-25 12:21
电荷分布最直观的表征就是计算原子电荷，另外就是绘制分子表面静电势图，就是你发的第三个图。如果对静电势 ...

老师，您好，想请教一个问题，如果两个片段，比如卟啉和绕丹宁之间进行连接如下：绕丹宁-双键-三建-卟啉-三建-双键-绕丹宁，这种把三键和双键之间用单键相连的结构正确吗？辛苦老师

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-8 21:28

xxzj 发表于 2020-1-8 10:19
老师，您好，想请教一个问题，如果两个片段，比如卟啉和绕丹宁之间进行连接如下：绕丹宁-双键-三建-卟啉- ...

关注这个是完全多余的，只要键长在合理范围，直接用量化程序优化就完了

仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

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