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标题: 粗粒化模拟折叠温度问题 [打印本页]

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Author: quer 时间: 2019-5-21 21:08
标题: 粗粒化模拟折叠温度问题
最近刚开始学习用粗粒化模型模拟蛋白质domain movement，在wang-landou模拟前为了更好的学习偏置势，先模拟了蛋白的折叠温度，大概流程就是在设定的范围里二分法选择温度并长时间MD模拟（检查了确实足够长），看native-contact的平均数目是否超过一半，结果得到的折叠温度大概是460K左右，实验得到的tm是333K，看软件示例里的蛋白变性温度也是390K，所以这个力场是不是需要换或者粗粒化这种精度也是可以接受的？软件用的是cafemol，力场用的是软件内置的一个go-like的模型，native-state选的是核磁得到的pdb

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