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标题: 碱基对双自由基性质研究中困惑，请大家帮忙看下是否有错误，谢谢！ [打印本页]
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Author: 珠珠    时间: 2015-6-25 14:30
标题: 碱基对双自由基性质研究中困惑，请大家帮忙看下是否有错误，谢谢！
之前问过相关问题，怕在之前帖子下会看不到，发新帖咨询下前辈，请多多指教！过了小半年还来问这个问题，因为中间耽搁，加上实验室的计算资源真的很弱，M06都带着吃力。 最近实验室服务器能用M06计算了，就又回到这个体系上来了，产生了以下困惑：


我做的体系是A-T碱基对的自由基修饰，如下图： (, 下载次数 Times of downloads: 53)
  相对应的碱基都是用环戊二烯自由基修饰：首先，先对其进行结构优化，并用了关键词freq=intmodes计算频率，确定没有虚频。其次，输出文件中取Standard orientation（四项收敛均为YES)下坐标为基准，单点计算不同振动模式影响下的双自由基特征。比如，我算的修饰碱基对有99种振动模式，.log文件中有不同freq下的碱基对坐标位移，将它们取出加到Standard orientation再进行单点计算，希望通过计算能够查看其相关特征。
单点采用的M062X计算对应的闭壳层，开壳层单、三重态。
如：# uM062X/6-311++g(d,p) pop=nboread scf=(maxcycle=500,tight) guess=mix iop(3/33=1) $nbo bndidx $end
  现在我有一些数据结果，但是感觉很疑惑，我列举下，请大家帮忙分析：
1）、Standard orientation坐标下的修饰碱基对的相关数据表明，开壳层三重态为体系的基态，ET<EBS<ECS。
2）、不同振动模式的结果出现了三种情况（与之前b3lyp的结果类似），a）ET<EBS<ECS， b）ET<ECS<EBS，c）EBS<ET<ECS 三种情况下BS态出现的位置都比较偏   a）ET<EBS<ECS情况下，BS、T能量差值~0.0000x a.u，这样是不是就可以忽略？认为BS/T是T基态？但是自旋污染S2=1左右，Sob前辈说过这个指标其实不准，然后看它BS态自旋密度分布感觉还是有双自由基性质的，这有点搞不明白。
(, 下载次数 Times of downloads: 65)


  b）ET<ECS<EBS情况下，BS、CS能量差值~0.00x a.u，看这种自旋密度的话，感觉两个轨道基本一样，很接近CS态，不过是自旋密度稍稍有点。大部分模式都是这种情况。
(, 下载次数 Times of downloads: 54)
  c）EBS<ET<ECS这种也是，BS、T能量差值~-0.00000x a.u，看自旋密度的话与a）相似。
问题：
  1、如果看能量差的话，是不是可以直接忽略掉，就是不设三种情况都是三重态基态？这样分析的话又感到无从下手，键级，HOMO-LUMO Gaps、自旋污染、自旋密度，结合之振动模式。而没有BS态，J自旋偶合常数计算就不能参照。
  2、之前标准坐标下计算，EBS-ECS=-0.9012 a.u,EBS-ET=0.051849a.u。可以认为是振动引起的三种情况出现，导致BS态在CS--T态之间波动出现在两端的情况？相应的怎么解释还没有清晰的思路。从轨道成分入手来进行分析，不知道是否可行？
以上，是我自己考虑的，不知道对不对。问boss还是不能帮我解答，就是要短平快，一个月发文章，自己考虑起来水平确实有限感觉好悲催。




另外，像这样的双自由基碱基对是不是可以考虑计算其静电势、芳香性呢？之前看Sob前辈的帖子看到有相关介绍。特别是核独立自旋位移的计算是否适用我的体系？（个人认为碱基对间形成氢键可以考虑用NICS).我们课题组大多都在做自由基性质，用过的分析就是HOMO-LUMO Gaps、自旋污染、自旋密度、EBS-ET能差、CASSCF双自由基百分比及J磁自旋偶合常数，这样做下去感觉都做烂了，没有新意发文章已经有难度。我想请教下大家是否还有别的相关参数进行描述？顺便吐槽下，实验室资源确实挺鸡肋有些东西算不了，boss整天想着不用花资源能发JACS......。
读了研发现选导师也很重要，遇到自私人品差的真的挺受伤，天天威胁不让毕业，请教他没得到帮助净挑刺。呃，小情绪爆发了，轻拍。自己的活还要自己干下去~~加油
作者
Author: sobereva    时间: 2015-6-25 16:00
说了一大堆没搞清楚你的重点和目的。标准朝向、按照振动模式进行位移，我不清楚你为什么要提这些。

这种体系用波函数分析能讨论一大堆，静电势、AIM、环电流、NICS、原子电荷、密度差、平均局部离子化能、福井函数、电负性/软度/硬度/IP/EA等等，以及相互作用能、振动频率、极化率等等
作者
Author: 珠珠    时间: 2015-6-25 16:38
表述太差了。见谅。 我就是单点计算了一系列在标准朝向坐标基础上位移后形成的不同结构。
比如，H2标准坐标为1，2，3  ，算freq后把log中的位移值  0.1  -0.5  0.2 加上，得到新的坐标1.1   1.5   3.2 算这个振动模式下的单点
                            2，1.5 4                                      0.02   0.3  0.01                          2.02  1.8  4.01


  现在就是不知道EBS、ECS、ET三种能量态的差别是否合理，怎么去理解。只是围绕它的磁性特征来考虑，boss要求的主要考虑铁磁性、反铁磁性。因为boss让我去发现来描述分析磁性特征的新参数，一直没有找到合适的。您提到的这些讨论点中有几个我在汇报中向我的boss提到过他给pass了，但是相关计算我都有算。
作者
Author: 珠珠    时间: 2015-6-25 16:47
之前做的像NICS有给他看，想征询他的意见但是boss只是说我怀疑你不懂，我怀疑你算的结果，你为什么要自己找这些。感觉他就想让我用之前实验室中采用的分析方法，说出个“本质”的东西说出个别的花样。可能我太low了一直不理解，文献看的也比较少，想到的都被否定，直接说浪费他资源就更乱了。
作者
Author: sobereva    时间: 2015-6-25 17:24
为什么要根据振动模式做位移？意义何在？
分别对三个态做优化，比较最后能量高低不就行了？
作者
Author: 珠珠    时间: 2015-6-25 17:32
通过振动模式下位移得到一些不同的构型，讨论振动频率影响下构型的双自由基性质。
作者
Author: sobereva    时间: 2015-6-25 18:05
还是没搞明白。
沿着某个振动模式去做势能面扫描，看三个态的能量变化，作成曲线图，这样会很直观，内容也更丰富



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