计算化学公社

标题: 以前针对lammps和gromacs的选择 [打印本页]

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Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-5-23 10:59
标题: 以前针对lammps和gromacs的选择
今天和另一位初学小白聊天，问及当初为啥选择gromacs作为第一个分子模拟软件，这里突然有些话想说，我们组的情况不同，可能大多数的人都是这样的情况，没有人带，自己一个人做研究，这也应该是正常的。导师和师姐的方向也不是这个，自己扣扯扣扯半天能有些许进展就非常高兴了，本人学习了快一年的gromacs，之间又被叫去学习lammps。对于这两个软件，目前我的想法就是gromacs更偏向生物，他自带的力场可能更精准些，导入其他力场实为费劲，是我自己才疏学浅没领悟精髓。lammps可能更为适合我的方向力场的选择也方便些只要参数准确些就行，但是我选择的最重要的一点是 sob老师不做lammps。还有就是这个公社和Q群里的良师益友给我的帮助与鼓励，虽然目前也没啥大进展，但是总觉得像是一个有组织有后盾的感觉，在这里想对那些有同样情景的师弟师妹们说一句，希望你们不在迷茫！欢迎找到组织！

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Author: fhh2626 时间: 2019-5-23 11:22
gmx相对于用户，尤其是初学者更友好一些。lammps功能更强一些

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Author: shalene 时间: 2019-5-23 12:14
gromacs 容易上手

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-5-23 16:46

fhh2626 发表于 2019-5-23 11:22
gmx相对于用户，尤其是初学者更友好一些。lammps功能更强一些

对的，感觉官网的例子就很友好了

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-5-23 16:46

shalene 发表于 2019-5-23 12:14
gromacs 容易上手

我看科音官网，sob老师有意出版书籍，不知道什么时候会有

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-24 03:39
“gromacs更偏向生物”这种说法不确切，生物体系只是gmx最擅长的问题类型之一。
gmx什么都能模拟，只要有力场。溶液也是gmx非常重要的传统应用领域。现在能被gmx支持的金属、无机力场也开始不断出现，gmx的应用面会越来越宽。像科音的gromacs培训班里也有基于GROMACS纳米体系、金属模拟的例子。到高级班的时候还会给GROMACS研究无机固体的模拟例子。

gmx导入力场一点也不费劲，由于gmx知名度极高，很多力场甚至都有现成的gmx的包，直接把力场文件夹靠到gmx的top目录下就能用。gmx在力场方面格式定义得非常清楚，只要把基本逻辑弄明白，手动改也很容易，自己去添加参数没有什么难度。

到底要研究什么体系什么问题，这是对于选择程序最关键的问题。gmx模拟速度远快于lammps，使用更方便，用户数目是lammps两、三倍甚至更多，因此得到解答也明显更容易。lammps优势是力场形式支持得更丰富一些，但gmx模拟不了而非得lammps才能模拟的问题越来越少，因为采用gmx支持的力场函数形式的力场越来越丰富。

所以，除非要研究的问题非用lammps不可，否则一律建议用gromacs。如果从头学MD，gromacs也是绝对的首选，其它的程序适合作为gmx研究不了的问题的补充。

2019-Sep-25补充：
这是一个关于计算速度对比图，虽然版本比较老，但仍然有可参考性。可见gmx的速度完爆Lammps
(, 下载次数 Times of downloads: 139)

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Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-5-24 08:18

sobereva 发表于 2019-5-24 03:39
“gromacs更偏向生物”这种说法不确切，生物体系只是gmx最擅长的问题类型之一。
gmx什么都能模拟，只要有 ...

非常非常非常感谢sob老师这么精心的回答！！！！我对于gromacs的见解太浅险些带偏了新进的学生，一打开帖子看到这么多的字吓了一跳！不亏是sob，凡事都是认真负责的态度！学生在这里拜谢了！！！！
PS: 您的课程是我这一年最期待的一件事

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Author: Scienceme 时间: 2019-5-24 20:41
要学的话就报名参加吧，绝对很好的~ ；收获会很多~

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-5-24 21:02

Scienceme 发表于 2019-5-24 20:41
要学的话就报名参加吧，绝对很好的~ ；收获会很多~

你这是参加过啦？

作者
Author: Scienceme 时间: 2019-5-24 22:59

少年爱吃地三鲜发表于 2019-5-24 21:02
你这是参加过啦？

建议你去参加卢老师的班~，现场班，卢老师讲得很好，值的付出这点学费~

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-5-25 09:07

Scienceme 发表于 2019-5-24 22:59
建议你去参加卢老师的班~，现场班，卢老师讲得很好，值的付出这点学费~

好哒好哒！

作者
Author: sgc006357 时间: 2019-6-5 15:03
gromacs类比lammps好比于ios类比安卓。

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-6-11 08:06

sgc006357 发表于 2019-6-5 15:03
gromacs类比lammps好比于ios类比安卓。

你觉得哪个是ios呢？哈哈

作者
Author: sgc006357 时间: 2019-6-11 08:15

少年爱吃地三鲜发表于 2019-6-11 08:06
你觉得哪个是ios呢？哈哈

明显gromacs是ios啊

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-6-11 08:19

sgc006357 发表于 2019-6-11 08:15
明显gromacs是ios啊

你这个比喻社长是绝对不能接受的，他最讨厌的就是苹果了。如果说的是用户使用量的话，也是gromacs更多一些。现在还是用安卓的多

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Author: sobereva 时间: 2019-6-11 10:31

少年爱吃地三鲜发表于 2019-6-11 08:19
你这个比喻社长是绝对不能接受的，他最讨厌的就是苹果了。如果说的是用户使用量的话，也是gromacs更多一 ...

非要类比，gromacs=安卓。用户群最大，完全免费，灵活开放，干净，没有乱七八糟东西。这是我欣赏的。

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-6-11 16:02

sobereva 发表于 2019-6-11 10:31
非要类比，gromacs=安卓。用户群最大，完全免费，灵活开放，干净，没有乱七八糟东西。这是我欣赏的。

社长大人驾到！嘿嘿

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-6-17 02:00
Gromacs的开发者都很approachable，特别是mark，基本上每个会都可以见到，他看到你的poster感兴趣还会给你递名牌，lampps爱理不理。而且gromacs的代码文档也很清楚，基于gromacs的二次开发也很容易。

作者
Author: Alan123 时间: 2020-1-31 20:43

sgc006357 发表于 2019-6-5 15:03
gromacs类比lammps好比于ios类比安卓。

你的这个类比厉害了，哈哈

作者
Author: gg302694005 时间: 2021-4-11 19:25
即将参加4月17号的分子动力学培训，期待！！！

作者
Author: kaier 时间: 2022-11-22 19:13

sobereva 发表于 2019-5-24 03:39
“gromacs更偏向生物”这种说法不确切，生物体系只是gmx最擅长的问题类型之一。
gmx什么都能模拟，只要有 ...

请问sob老师，gromacs可以做reaxff等相关的研究吗？老师在分子动力学培训课程可以讲一些reaxff相关内容吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-22 21:37

kaier 发表于 2022-11-22 19:13
请问sob老师，gromacs可以做reaxff等相关的研究吗？老师在分子动力学培训课程可以讲一些reaxff相关内容吗

GROMACS不支持reaxFF
北京科音分子动力学与GROMACS培训班里讲力场的部分最后讲了一定reaxFF相关知识

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Author: kaier 时间: 2022-11-25 11:33

sobereva 发表于 2022-11-22 21:37
GROMACS不支持reaxFF
北京科音分子动力学与GROMACS培训班里讲力场的部分最后讲了一定reaxFF相关知识

希望sob老师可以在后续的分子动力学课程里面多讲一些reaxff，现在科研上用的很多，国内这方面培训也参差不齐

作者
Author: Hailu 时间: 2023-11-8 13:37

sobereva 发表于 2019-5-24 03:39
“gromacs更偏向生物”这种说法不确切，生物体系只是gmx最擅长的问题类型之一。
gmx什么都能模拟，只要有 ...

老师觉得openMM和gromacs比哪个更好一些呢？我之前一直是在学习并使用gromacs。但公司有同事用openMM，似乎对有python基础的人更友好一点，但我也不敢妄下论断。老师有测试过openMM吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-8 15:11

Hailu 发表于 2023-11-8 13:37
老师觉得openMM和gromacs比哪个更好一些呢？我之前一直是在学习并使用gromacs。但公司有同事用openMM，似 ...

我不用OpenMM，至少对我来说没觉得有任何必要用
gromacs已经非常友好了。更何况现在gromacs也可以基于gmxapi用通过Python控制运行（虽然我不用）

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