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标题: 关于粗粒化体系预平衡时出现的问题… [打印本页]

作者
Author: 路过的一只 时间: 2019-5-23 15:40
标题: 关于粗粒化体系预平衡时出现的问题…
本帖最后由路过的一只于 2019-5-24 11:19 编辑

在我的粗粒化体系进行能量最小化后，表示出steepest descents did not convergr to Fmax <10 in 1001 steps。我也试过200步结果依然如此…重新做发现在蛋白真空min的时候就出现这个情况……
我试着往下继续做预平衡，mdp文件如下
(, 下载次数 Times of downloads: 26)
在生成tpr文件后有个note，如下
(, 下载次数 Times of downloads: 30)

强行运行mdrun会出现下面这个问题
(, 下载次数 Times of downloads: 28)

查了官网的errors，说是“
LINCS/SETTLE/SHAKE warningsSometimes, when running dynamics, mdrun may suddenly stop (perhaps after writing several pdb files) after a series of warnings about the constraint algorithms (e.g. LINCS, SETTLE or SHAKE) are written to the log file. These algorithms often used to constrain bond lengths and/or angles. When a system is blowing up (i.e. exploding due to diverging forces), the constraints are usually the first thing to fail. This doesn't necessarily mean you need to troubleshoot the constraint algorithm. Usually it is a sign of something more fundamentally wrong (physically unrealistic) with your system. See also the advice here about diagnosing unstable systems.”

……不知道从何入手了

（已解决）谢谢老师的指导！

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-5-23 16:48
你的最小化mdp就是这个？完整的？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-24 03:55
如果确信结构和top文件没问题，减小步长再试，等跑一段时间相对稳定了可以再改回原来步长

作者
Author: 路过的一只 时间: 2019-5-24 09:15

少年爱吃地三鲜发表于 2019-5-23 16:48
你的最小化mdp就是这个？完整的？

这个是预平衡时用的mdp文件，对教程中的例子做了一些数值的修改。

作者
Author: 路过的一只 时间: 2019-5-24 09:40

sobereva 发表于 2019-5-24 03:55
如果确信结构和top文件没问题，减小步长再试，等跑一段时间相对稳定了可以再改回原来步长

好的！谢谢老师~！

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