计算化学公社

标题: 气相分子在固体表面不同位点的迁移使用高斯计算思路 [打印本页]

作者
Author: Hassan 时间: 2019-5-24 11:19
标题: 气相分子在固体表面不同位点的迁移使用高斯计算思路
NOx分子在Pt(贵金属催化剂)/BaO（其中Al2O3作为Pt和Ba的载体）之间的迁移过程，想用高斯计算NOx吸附Ba->脱附->迁移至Pt位点的过程，找到迁移过程中NOx（或离子）的变化，请问该是怎样一个思路计算呢？我是小白，才接触量化，还请各位大神不吝赐教，由衷感激~

作者
Author: ximi1986 时间: 2019-5-24 16:59
高斯周期性计算比较弱，这个可以考虑用团簇计算

作者
Author: Hassan 时间: 2019-5-24 19:58

ximi1986 发表于 2019-5-24 16:59
高斯周期性计算比较弱，这个可以考虑用团簇计算

首先非常感谢您的回复，还有一点疑问，高斯可以用来计算孤立体系（团簇），气相分子在表面催化问题的高斯计算，大体是怎样一个思路呢？如果这样的计算，高斯不合适，请问是不是该用基于第一性原理的软件包呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-25 02:48

Hassan 发表于 2019-5-24 19:58
首先非常感谢您的回复，还有一点疑问，高斯可以用来计算孤立体系（团簇），气相分子在表面催化问题的高斯 ...

构建足够大的复晶胞，然后挖出一块足够大的区域，在团簇靠中间的区域考察你要研究的问题

作者
Author: Hassan 时间: 2019-5-25 08:49

sobereva 发表于 2019-5-25 02:48
构建足够大的复晶胞，然后挖出一块足够大的区域，在团簇靠中间的区域考察你要研究的问题

首先非常感谢sobereva老师的关注和回复，非常荣幸~

1. 足够大的复晶胞和足够大的区域，其中“足够大”如何理解，可否大约量化一下（包括复晶胞和区域的相对大小）？
2. “区域”挖出来之后，区域周围原子是否需要固定（除与气相分子接触面）？
3. 以上过程使用高斯软件实现可行性如何？

再次感谢sobereva老师，非常幸运无意间发现了这个论坛~

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-25 09:41

Hassan 发表于 2019-5-25 08:49
首先非常感谢sobereva老师的关注和回复，非常荣幸~

1. 足够大的复晶胞和足够大的区域，其中“足够大” ...

1 没法说得那么明确，反正不能紧挨着，起码也得有5埃的距离，否则边界效应对关键区域的影响太明显
2 需要
3 挖是通过可视化程序实现的。建模之后可以用Gaussian算

作者
Author: Hassan 时间: 2019-5-25 09:48

sobereva 发表于 2019-5-25 09:41
1 没法说得那么明确，反正不能紧挨着，起码也得有5埃的距离，否则边界效应对关键区域的影响太明显
2 需 ...

非常感谢sobereva老师的及时回复，还有最后一个小问题，可视化程序有推荐吗（配合高斯使用）？
大赞量化公社~(((o(*ﾟ▽ﾟ*)o)))

作者
Author: Hassan 时间: 2019-5-25 09:53

sobereva 发表于 2019-5-25 09:41
1 没法说得那么明确，反正不能紧挨着，起码也得有5埃的距离，否则边界效应对关键区域的影响太明显
2 需 ...

对啦~sobl老师，咱有没有那种微信公众号之类的，可以关注（避免电脑不在身边也想进入公社的情况）

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-25 10:07

Hassan 发表于 2019-5-25 09:53
对啦~sobl老师，咱有没有那种微信公众号之类的，可以关注（避免电脑不在身边也想进入公社的情况）

公众号和是否进入公社没有什么直接关系

公众号只有“北京科音”（看我的签名），论坛没有

作者
Author: Hassan 时间: 2019-5-25 10:16

sobereva 发表于 2019-5-25 10:07
公众号和是否进入公社没有什么直接关系

公众号只有“北京科音”（看我的签名），论坛没有

好的，关于公众号已了解~

最后：“挖是通过可视化程序实现的”，GaussView 可以胜任吗？

再次感谢sobereva老师，感觉找到了根据地~

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-26 04:37

Hassan 发表于 2019-5-25 10:16
好的，关于公众号已了解~

最后：“挖是通过可视化程序实现的”，GaussView 可以胜任吗？

有时候可以，有时候不行
gview对cif文件的兼容性不好，有的时候可能载入失败。如果能载入的话，通过PBC editor可以复制延展成复晶胞，然后再自己一点点切割就可以

作者
Author: Hassan 时间: 2019-5-26 09:58

sobereva 发表于 2019-5-26 04:37
有时候可以，有时候不行
gview对cif文件的兼容性不好，有的时候可能载入失败。如果能载入的话，通过PBC ...

sob老师，同时在论坛里发现了《genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具》（http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html），复晶胞的构建可否使用该工具呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-26 10:03

Hassan 发表于 2019-5-26 09:58
sob老师，同时在论坛里发现了《genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具》（http ...

不是一码事
复晶胞用vesta、M$、avogadro等等都能建
下面的视频涉及了VESTA构建复晶胞的过程

基于分子晶体cif文件抠出分子团簇结构
https://www.bilibili.com/video/av35864488/

作者
Author: Hassan 时间: 2019-5-26 10:33

sobereva 发表于 2019-5-26 10:03
不是一码事
复晶胞用vesta、M$、avogadro等等都能建
下面的视频涉及了VESTA构建复晶胞的过程

哇，很清晰~载体表面有两种物质（Pt和BaO均匀分散）同时存在，其复晶胞构建的话，两物质的晶胞怎样的相对位置才能体现实际情况呢？（左PT右BaO并列、还是BaO包含Pt？）

刚开始接触量化，可能问题描述的不是很清晰，或者不恰当，还望老师体谅~再次感谢~

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-27 03:49

Hassan 发表于 2019-5-26 10:33
哇，很清晰~载体表面有两种物质（Pt和BaO均匀分散）同时存在，其复晶胞构建的话，两物质的晶胞怎样的相对 ...

你这个体系过于具体，我对这种体系没有了解，看看类似文献里都是什么样结构吧

作者
Author: Hassan 时间: 2019-5-27 10:09

sobereva 发表于 2019-5-27 03:49
你这个体系过于具体，我对这种体系没有了解，看看类似文献里都是什么样结构吧

很幸运~万分感激sob老师的持续关注和回复，给予我非常大的帮助~感谢老师~

作者
Author: Hassan 时间: 2019-5-27 20:12

sobereva 发表于 2019-5-27 03:49
你这个体系过于具体，我对这种体系没有了解，看看类似文献里都是什么样结构吧

感谢sob老师的持续关注和回复~万分感谢，帮助极大

作者
Author: fallleave 时间: 2019-5-28 09:36

sobereva 发表于 2019-5-25 02:48
构建足够大的复晶胞，然后挖出一块足够大的区域，在团簇靠中间的区域考察你要研究的问题

此种问题的计算，不知道有没有人比较过用Gaussian计算和VASP之类软件计算的效率对比，在精确性相当的情况下，哪个软件算得更快？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-29 05:49

fallleave 发表于 2019-5-28 09:36
此种问题的计算，不知道有没有人比较过用Gaussian计算和VASP之类软件计算的效率对比，在精确性相当的情况 ...

Gaussian没有代表性，用ORCA开RI，对大体系用纯泛函，耗时甚至都不是一个数量级的

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)