计算化学公社

标题: amber或gromacs可以搜索水溶液中金属离子配合物的构象吗？ [打印本页]

作者
Author: hzamber 时间: 2019-5-25 14:46
标题: amber或gromacs可以搜索水溶液中金属离子配合物的构象吗？
如题。
假如在水溶液中钙离子与氯离子和硫酸离子可能形成的构象。

谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-25 16:53
这种问题用genmer+molclus结合xtb或MOPAC搜索非常简单快速，用amber多此一举，还不准确。看下文的介绍和例子
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

作者
Author: hzamber 时间: 2019-5-25 21:01

sobereva 发表于 2019-5-25 16:53
这种问题用genmer+molclus结合xtb或MOPAC搜索非常简单快速，用amber多此一举，还不准确。看下文的介绍和例 ...

谢谢社长，使用genmer和molclus搜索构象很快。

另外我想考查这种现象：水溶液中金属离子的配体的取代过程，如水分子可能被氯离子取代的动态过程，或着相反的过程。这种过程可以使用amber或gromacs模拟吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-26 04:53

hzamber 发表于 2019-5-25 21:01
谢谢社长，使用genmer和molclus搜索构象很快。

另外我想考查这种现象：水溶液中金属离子的配体的取代 ...

不行。因为牵扯到配位键形成和断裂。一般需要用从头算动力学，可以尝试用xtb实现

作者
Author: hzamber 时间: 2019-5-26 14:52

sobereva 发表于 2019-5-26 04:53
不行。因为牵扯到配位键形成和断裂。一般需要用从头算动力学，可以尝试用xtb实现

谢谢社长回复！

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