计算化学公社

标题: Gaussian优化出错，提示Linear angle in Tors. [打印本页]

作者
Author: vigaryang 时间: 2015-6-26 10:10
标题: Gaussian优化出错，提示Linear angle in Tors.
老师您好，我在利用b3lyp/6-31+G(d) D3(BJ)对分子结构进行优化时，出现了如下错误。百度无果，因此想您请教，谢谢！

Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
Linear angle in Tors.
Error termination via Lnk1e in /home/program/g09/l103.exe at Thu Jun 25 22:29:51 2015.
Job cpu time: 1 days 12 hours 43 minutes 24.8 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 282 Int= 0 D2E= 0 Chk= 31 Scr= 1

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-26 10:41
随着优化的进行，组成二面角的原子恰处于一条直线，此时无法继续优化。用opt=cartesian即可解决。

PS：百度对科研几乎没有丝毫用处，要搜就用google

作者
Author: vigaryang 时间: 2015-6-26 11:05

sobereva 发表于 2015-6-26 10:41
随着优化的进行，组成二面角的原子恰处于一条直线，此时无法继续优化。用opt=cartesian即可解决。

PS： ...

好的，我试试，谢谢！

作者
Author: qiongxie 时间: 2016-10-22 14:56

sobereva 发表于 2015-6-26 10:41
随着优化的进行，组成二面角的原子恰处于一条直线，此时无法继续优化。用opt=cartesian即可解决。

PS： ...

可是我们一开始用的就是笛卡尔坐标，还需要加这个吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-22 14:59

qiongxie 发表于 2016-10-22 14:56
可是我们一开始用的就是笛卡尔坐标，还需要加这个吗？

输入文件里用笛卡尔坐标表述结构和用笛卡尔坐标优化完全是两码事
opt=cartesian代表用笛卡尔坐标优化，这跟你输入文件里的坐标系无关

作者
Author: qiongxie 时间: 2016-10-22 15:18

sobereva 发表于 2016-10-22 14:59
输入文件里用笛卡尔坐标表述结构和用笛卡尔坐标优化完全是两码事
opt=cartesian代表用笛卡尔坐标优化 ...

这样子呀，涨知识了。谢谢哈。

作者
Author: qiongxie 时间: 2016-10-22 15:50

sobereva 发表于 2016-10-22 14:59
输入文件里用笛卡尔坐标表述结构和用笛卡尔坐标优化完全是两码事
opt=cartesian代表用笛卡尔坐标优化 ...

我有新问题想请教您一下，这个错误是什么原因呢？
External program failed.
Error termination via Lnk1e in /home/jjgu/gaussian/g09D01/g09/l612.exe at Sat Oct 22 23:41:07 2016.
Job cpu time: 0 days 2 hours 24 minutes 37.8 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 870 Int= 0 D2E= 0 Chk= 6 Scr= 1

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-23 03:02

qiongxie 发表于 2016-10-22 15:50
我有新问题想请教您一下，这个错误是什么原因呢？
External program failed.
Error termination via L ...

信息量不够，看这点提示无法判断

作者
Author: aslyl 时间: 2025-6-4 12:47

sobereva 发表于 2015-6-26 10:41
随着优化的进行，组成二面角的原子恰处于一条直线，此时无法继续优化。用opt=cartesian即可解决。

PS： ...

您好老师，前天在初级班群里向您请教关于羟基自由基与有机分子发生夺氢反应寻找过渡态报错的问题。我重新设置了O...H的距离和C-H的键长，过程中观察到羟基和氢原子生成水了。最后报错的提示是Linear search not attempted -- option 19 set.
Linear angle in Tors.
想请教一下，是否我的初猜结构太烂导致，需要怎么调整合适。
在公社查找相关问题，看到了这篇帖子，想请问我是否能用opt=cartesian这个方式解决问题。
gjf和out文件如下，其中out文件过大以压缩包形式上传。
(, 下载次数 Times of downloads: 4)
(, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-4 13:52

aslyl 发表于 2025-6-4 12:47
您好老师，前天在初级班群里向您请教关于羟基自由基与有机分子发生夺氢反应寻找过渡态报错的问题。我重新 ...

O...H摆得偏近。拉远点再试。并且可以固定H-C为1.35埃，并柔性扫描OH与H的距离（为节约时间可以用PM7），看是否有合适的极大点可以当过渡态初猜

并且opt freq建议用scrf默认的IEFPCM

作者
Author: aslyl 时间: 2025-6-13 19:32

sobereva 发表于 2025-6-4 13:52
O...H摆得偏近。拉远点再试。并且可以固定H-C为1.35埃，并柔性扫描OH与H的距离（为节约时间可以用PM7）， ...

老师您好，我尝试用474博文中5.5（辅助寻找乙醇脱水的过渡态）的例子作为参考，对我要做的羟基夺氢反应进行柔性扫描。我的做法是将H-C设为1.35埃，O...H为2.667埃，扫17步，每步减少0.1埃。使用的关键词为“# opt=modredundant nosymm pm7”，出现了报错提示不收敛，我按照61博文进行尝试，输入文件为 (, 下载次数 Times of downloads: 0) ，正常跑完，输出文件为 (, 下载次数 Times of downloads: 0) 。但是极大点结构OH与H的距离与初猜结构一致（2.667埃），不知道是哪里没做对，希望您指点。
还有一个问题想请教，在扫描的同时，我将O...H拉远到1.3埃尝试了进行过渡态搜索，输入文件为 (, 下载次数 Times of downloads: 0) ，输出文件为 (, 下载次数 Times of downloads: 0) ，报错提示为“ FormBX had a problem.”我根据http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html中的方法（有时直接保存最末结构后，重新opt也能解决此问题，Gaussian 实际上会自动为接近直线的原子添加一些 Linear Bend，但并不总是有效。）进行了调整，输入文件为 (, 下载次数 Times of downloads: 1) ，正常跑完，输出文件为 (, 下载次数 Times of downloads: 0) ，波数为-67.68，我觉得可能不太对（讲义中说一般大于100）。进行了IRC计算，输入文件为 (, 下载次数 Times of downloads: 0) ，输出文件为 (, 下载次数 Times of downloads: 0) ，两端结构都是有机分子和水分子，不知道是哪里出了错，是否需要按照400博文进行调整

作者
Author: wangzijie 时间: 2025-7-3 21:25

sobereva 发表于 2015-6-26 10:41
随着优化的进行，组成二面角的原子恰处于一条直线，此时无法继续优化。用opt=cartesian即可解决。

PS： ...

老师您好，我在对MPA-G6F（巯基丙酸-6个甘氨酸+苯丙氨酸）进行结构优化的时候，最开始报错Atoms too close，于是我按照您在其他人帖子中的回答在input文件中添加了geom=nocrowd，之后重新运行发现再次报错 Linear angle in Tors.，于是我按照您这篇帖子中的回答在input文件中添加了opt=cartesian，重新优化发现再次报错，Optimization stopped.
-- Number of steps exceeded, NStep= 232
-- Flag reset to prevent archiving.
Error termination request processed by link 9999.经过搜索，发现您说笛卡尔坐标下优化这个报错十分常见，而检查了我的optimization plot没有发生震荡。
(, 下载次数 Times of downloads: 72)
我的最终input文件和output文件如下，现在不知道如何修改我的input文件，请问老师有何解决方法？ (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-7-4 10:07
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-7-4 10:08 编辑

wangzijie 发表于 2025-7-3 21:25
老师您好，我在对MPA-G6F（巯基丙酸-6个甘氨酸+苯丙氨酸）进行结构优化的时候，最开始报错Atoms too clos ...

这个初始坐标从何而来，是自己三维搭的、从键线式转化的还是从什么数据库下载的？末端苯丙氨酸残基的结构完全离谱，本来Gaussian报错atoms too close就是在提醒检查坐标是否合理，结果你还用geom=nocrowd强行忽略了，这显然优化不出来。此类简单结构直接用GaussView的模板构造是最快捷方便的，还至少能保证定性合理，opt=cartesian也不是必须。

作者
Author: wangzijie 时间: 2025-7-8 09:20

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-7-4 10:07
这个初始坐标从何而来，是自己三维搭的、从键线式转化的还是从什么数据库下载的？末端苯丙氨酸残基的结构 ...

感谢，我在gauss里重新画结构算出来了，原来的初始坐标是我在chem3d里导出的，可能存在一些问题

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