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标题: 有机小分子生成拓扑文件的问题，求解答 [打印本页]

作者
Author: 李典阳cpu 时间: 2019-5-27 17:30
标题: 有机小分子生成拓扑文件的问题，求解答
想做一个蛋白和小分子配体的模拟，配体用的antechamber和acpype.py转化mol2文件为gmx使用的拓扑文件。问题就出在这一步，用vmd观察的mol2文件结构是完整的，但是生成的gro文件始终缺少一个碳溴键，我检查了itp文件，还是看不出有什么问题，只能在这里请高人指点一下了，万分感谢！
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作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-27 18:56
没有缺少。[bonds]里有 31 35 1 1.9079e-01 2.1983e+05 ; C22 - BR1
VMD根据距离判断是否成键，默认判断标准不合理所以没显示出来而已

作者
Author: 李典阳cpu 时间: 2019-5-27 19:42

sobereva 发表于 2019-5-27 18:56
没有缺少。里有 31 35 1 1.9079e-01 2.1983e+05 ; C22 - BR1
VMD根据距离判断是否成 ...

谢谢sob老师！

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