计算化学公社

标题: 如何获取pdb文件以及写gromacs模拟退火的输入文件 [打印本页]

作者
Author: 498746012 时间: 2019-5-28 17:09
标题: 如何获取pdb文件以及写gromacs模拟退火的输入文件
各位老师好！我刚刚接触动力学模拟，感觉非常难。我想用gromacs算一个10肽的全局最稳定的构象，想用模拟退火的方法去做。现在我有10肽的氨基酸序列，而且主链是有手性的，如何获取这样的pdb文件呀？我的做法是用chem3D把相应画好序列的chemdraw文件打开，然后保存成mol文件，再用gview保存成pdb文件，但是发现没有残基号，这该怎么办呀？下一步的模拟退火mdp文件该如何书写呀，能不能给一个模板呀？谢谢老师啦

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-28 18:41
chem3D在建模方面很垃圾，更不适合建这个。
有现成的构建工具
ProBuilder：http://nova.colombo58.unimi.it/probuilder.htm
(, 下载次数 Times of downloads: 51)
(, 下载次数 Times of downloads: 46)

作者
Author: 498746012 时间: 2019-5-31 15:38
谢谢sob老师

作者
Author: annaqz 时间: 2023-6-30 16:33

sobereva 发表于 2019-5-28 18:41
chem3D在建模方面很垃圾，更不适合建这个。
有现成的构建工具
ProBuilder：http://nova.colombo58.unimi. ...

这个网页打不开呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-1 06:59

annaqz 发表于 2023-6-30 16:33
这个网页打不开呢

挂了呗
看清楚发帖日期

作者
Author: 对抗路达摩 时间: 2023-7-1 22:33

annaqz 发表于 2023-6-30 16:33
这个网页打不开呢

可以使用python库peptideBuilder

作者
Author: annaqz 时间: 2023-7-3 10:49

sobereva 发表于 2023-7-1 06:59
挂了呗
看清楚发帖日期

嗯呢，那现在还有类似的网站吗？

作者
Author: annaqz 时间: 2023-7-3 10:51

对抗路达摩发表于 2023-7-1 22:33
可以使用python库peptideBuilder

好滴，我看看。谢谢！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)