计算化学公社

标题: 如何构建球形或者管状的聚合物？ [打印本页]

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-5-29 16:43
标题: 如何构建球形或者管状的聚合物？
想构建一个富勒烯一样的球形聚合物，不知道用什么软件可以实现呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-29 17:52
真空下低温跑个聚合物MD，通常自发就会收缩成团

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-5-29 19:27
你说的是无规的还是周期性的

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-5-29 20:08

少年爱吃地三鲜发表于 2019-5-29 19:27
你说的是无规的还是周期性的

周期性的

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-5-29 20:13

sobereva 发表于 2019-5-29 17:52
真空下低温跑个聚合物MD，通常自发就会收缩成团

明白了，谢谢

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-5-29 21:21

万年流星发表于 2019-5-29 20:13
明白了，谢谢

明白了？这个团可不是周期性的啊，你明白了什么呀？

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-5-29 21:31

少年爱吃地三鲜发表于 2019-5-29 21:21
明白了？这个团可不是周期性的啊，你明白了什么呀？

比如我构建一个20个分子的聚合物平面，跑完md可能就会收缩成一个球型的聚合物了，我就是要个球形的

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-5-30 13:58

万年流星发表于 2019-5-29 21:31
比如我构建一个20个分子的聚合物平面，跑完md可能就会收缩成一个球型的聚合物了，我就是要个球形的

好哒

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-6-20 21:42

sobereva 发表于 2019-5-29 17:52
真空下低温跑个聚合物MD，通常自发就会收缩成团

sob老师，关于聚合物还有个疑问，就是透射显微镜观察到的聚合物是500nm左右的球，那这个球是
1.构建一个大网状的（即分子间都通过共价键连接）跑成团，如1000个分子连在一起跑md成团；还是
2.构建成10个低聚物网（每个低聚物网100个分子），最后聚成团

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-21 02:03

万年流星发表于 2019-6-20 21:42
sob老师，关于聚合物还有个疑问，就是透射显微镜观察到的聚合物是500nm左右的球，那这个球是
1.构建一个 ...

我对现实情况的聚合物特征了解不多，你说的这两种情况都可以跑成团装

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-6-21 08:17

sobereva 发表于 2019-6-21 02:03
我对现实情况的聚合物特征了解不多，你说的这两种情况都可以跑成团装

那如果一个分子包含的原子比较多，比如由1000个原子或者更多连在一起组成一张网状低聚物（低聚物是由两个不同的分子的重复单元），需要跑成球，GAFF力场，这么大的体系跑前用gaussian可以优化的动吗？
用的Multiwfn计算的resp电荷，此时这种方法还合适吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-21 10:45

万年流星发表于 2019-6-21 08:17
那如果一个分子包含的原子比较多，比如由1000个原子或者更多连在一起组成一张网状低聚物（低聚物是由两个 ...

这种很大的聚合物不要当单个分子来处理
应当当做类似蛋白质那样方式处理，每个残基（单元）单独计算原子电荷，整体的电荷通过组合得到
没必要事先优化

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-6-21 15:12

sobereva 发表于 2019-6-21 10:45
这种很大的聚合物不要当单个分子来处理
应当当做类似蛋白质那样方式处理，每个残基（单元）单独计算原子 ...

好的，谢谢

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-9-8 21:58
本帖最后由 tjuptz 于 2019-9-8 23:40 编辑

sobereva 发表于 2019-6-21 10:45
这种很大的聚合物不要当单个分子来处理
应当当做类似蛋白质那样方式处理，每个残基（单元）单独计算原子 ...

老师，对于缩聚反应，我在计算RESP电荷时是该用没脱掉H、OH的单体算，还是该用两端脱掉了H、OH的残基计算呢？
另外，如果是计算残基，缩聚高分子经过末端处理后整体分子电荷能保持中性吗？蛋白质末端处理加上的H和OH是净电荷为零吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-9 06:54

tjuptz 发表于 2019-9-8 21:58
老师，对于缩聚反应，我在计算RESP电荷时是该用没脱掉H、OH的单体算，还是该用两端脱掉了H、OH的残基计算 ...

量化计算时绝对不能有悬着的共价键，否则会出现明显不合理的电子结构。共价键截断的地方必须恰当处理，通常就是用氢来饱和
残基保持电中性，通过Multiwfn的RESP计算功能的设定片段电荷约束的选项就可以保证

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-9-9 10:40
本帖最后由 tjuptz 于 2019-9-9 22:15 编辑

sobereva 发表于 2019-9-9 06:54
量化计算时绝对不能有悬着的共价键，否则会出现明显不合理的电子结构。共价键截断的地方必须恰当处理，通 ...

好的，谢谢老师。看来还是得用multiwfn做RESP电荷，对残基和两端分子单独处理。又研究了下AMBER99的rtp，理解了它末端处理的思路，与G54A7的思路不同。

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