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标题: 3D RISM是什么？ [打印本页]

作者
Author: 舍命为江山 时间: 2015-6-26 11:38
标题: 3D RISM是什么？
3D RISM: three-dimensional reference site interaction model

在文献说看到说这个可以算binding free energy， amber里也有这个mannual，
但是理解力有限，也没见过，请了解的人大概讲解一下啊！

谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-26 20:58
3D RISM是一种溶剂模型，某种程度上来说介于隐式溶剂模型和显式溶剂模型之间，它把溶剂以分布函数来描述，并由此可以计算溶解自由能的极性部分（非极性部分和GB/PB一样一般基于用SASA来算），因而可以像GB/PB一样用于计算结合自由能。

具体来说，比如以水作为溶剂，通过3D RISM计算（很耗时），就会产生O的三维格点数据和H的三维格点数据，描述了两种原子类型在不同位置的分布密度，可以作成等值面图考察。如果需要的话，通过这样的格点数据还可以通过一定算法进一步转化为显式溶剂模型。

计算3D RISM格点数据依赖于溶质与溶剂之间的势函数，因此比如用SPC/E和TIP3P得到的格点数据也是不同的。做3D RISM之前需要先对纯溶质做1D RISM来得到体相的site-site susceptibility。RISM在求解方程时有不同的具体实现，如HNC、KH、PSE-n。

作者
Author: 舍命为江山 时间: 2015-6-28 14:24
还是难理解，看来还是explicit model简单易懂啊，谢谢SOB

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-28 14:39
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这有个日文的3D-RISM幻灯片你可以看看，有助于理解，特别是其中的3D-RISM产生的溶剂原子分布的等值面图

简单来说，隐式溶剂模型，把溶剂当成均匀分布。显式溶剂模型，则把溶剂原子当成完全离散的分布。而3D-RISM介于二者之间，用三维、平滑的函数描述不同位置溶剂原子出现概率的高低，可以通过等值面图显示。

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